【摘 要】
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借助mRNAs分析MicroRNAs(miRNAs)的研究已经用于阐述miRNAs调控机理,但是它们大部分的准确功能仍然处于未知状态。基于此,本文提出了一种基于LDA(Latent Dirichlet allocatio
【机 构】
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大理学院工程学院,昆明理工大学信息工程与自动化学院
【基金项目】
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大理学院青年教师科学研究基金(KYQN201203)资助项目;云南省应用基础研究计划青年(2013FD038)资助项目;国家自然科学基金(20120033)资助项目
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借助mRNAs分析MicroRNAs(miRNAs)的研究已经用于阐述miRNAs调控机理,但是它们大部分的准确功能仍然处于未知状态。基于此,本文提出了一种基于LDA(Latent Dirichlet allocation)主题模型来识别特定生物条件下miRNAs和靶标mRNAs之间的调控模块。该模型首先利用Welch′s t-检验挖掘具有差异表达的miRNAs和mRNAs,然后采用折叠Gibbs抽样法进行参数估计。在上皮细胞-间充质细胞转型(Epithelial to Mesenchymal transition,EMT)数据集中的结果表明,所识别出的功能性miRNA-mRNA调控模块(FMRMs)能够构造不同生物条件下miRNAs与mRNAs之间的调控关系,从而为了解EMT生物过程和miRNA靶标治疗提供新的视角。与基于K-means聚类算法比较,LDA主题模型比K-means聚类在挖掘FMRMs上更加有效。
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