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1胚内免疫胚胎免疫可在种蛋从孵化器转到出雏器的过程中进行。在蛋壳上戳一个孔,在气室底部的膜下面注射疫苗,马立克氏病疫苗常用此方法。落盘的胚胎日龄不同（一般17~19天）,约25%~75%疫苗（0.05m L）注射到胚胎的颈部和肩部,其余25%~75%的疫苗注射到胚胎的其他部位。最初的马立克氏病疫苗胚内免疫试验显示,保护力的产生比出雏后免疫早。在美国,对超过80%的肉鸡采用胚内免疫马立克氏病。