【摘 要】
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目的 从中药中筛选具有潜在新冠病毒抑制活性的成分,进一步从原子水平揭示其抑制SARS-CoV-2S蛋白RBD与ACE2结合的内在机制。方法 检索新冠肺炎治疗中药处方,构建“新冠中药候选活性成分数据库”。用具有ACE2抑制活性的小分子化合物构建HipHop药效团模型,并对“新冠中药候选活性成分数据库”中活性成分筛选。采用分子对接和分子动力学模拟方法研究候选活性成分与ACE2的结合方式及其对新冠病毒S
【机 构】
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出生缺陷与细胞再生山西省重点实验室生物化学与分子生物学教研室基础医学院山西医科大学
【基金项目】
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国家自然科学基金青年项目(22007062); 山西省高等学校大学生创新创业训练项目(S2021101140230); 山西省基础研究计划项目(新冠防治研究,202103021224236); 山西医科大学博士科研启动基金(XD1911)资助项目;
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目的 从中药中筛选具有潜在新冠病毒抑制活性的成分,进一步从原子水平揭示其抑制SARS-CoV-2S蛋白RBD与ACE2结合的内在机制。方法 检索新冠肺炎治疗中药处方,构建“新冠中药候选活性成分数据库”。用具有ACE2抑制活性的小分子化合物构建HipHop药效团模型,并对“新冠中药候选活性成分数据库”中活性成分筛选。采用分子对接和分子动力学模拟方法研究候选活性成分与ACE2的结合方式及其对新冠病毒S蛋白与ACE2识别的影响。结果 本文通过中药处方挖掘和分子动力学模拟,从143个新冠治疗中药处方中筛选出10种可与新冠病毒S蛋白/人源ACE2识别位点结合的中药成分。其中,枇杷叶主要活性成分23-trans-p-coumaryhormenticacid与ACE2具有最高的亲和力,且23-trans-p-coumaryhormenticacid的结合可有效阻断新型冠状病毒S蛋白与宿主细胞ACE2的结合。结论 本文通过虚拟筛选发现了新冠病毒潜在抑制剂分子23-trans-p-coumaryhormentic acid,同时从原子水平预测了其抑制新型冠状病毒S蛋白与ACE2结合的内在机制,这将为新冠病毒特异性抗病毒药物的研发提供理论依据。
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