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针对新建本科高校研究所的特点，建立了相应的科研绩效评价指标体系，统计某新建本科高校的13个研究所近3年的各项科研成果，采用数据包络分析的BCC模型对数据进行处理，得到了这些研究所的科研投入产出效率状况，以及各研究所科研投入产出非DEA有效的产出不足量和投入冗余量。最后分析了非DEA有效的原因及科研管理部门提高这些研究所科研绩效的建议。