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协同创新本质上是一个制度创新的问题，更是一个实践问题。针对高校协同创新中的制度设计与制度建设问题，引入治理的理念，提出一种一般化的可定制的治理参考模型，为高校科研管理机构围绕协同创新进行制度设计和制度建设提供一套可参考的方法论。对该参考模型的核心构成要素进行详细地设计和解析，以此为基础，结合一个案例，详细介绍该参考模型的具体应用步骤和方法。