为对比显性标记应用于居群遗传结构研究时不同统计参数的适用性，利用ＲＡＰＤ技术对中国５个居群的１００个疣粒野生稻个体进行了遗传结构分析。在衡量居群遗传多样性水平时，多态位点比率（ＰＰＢ）会低估遗传变异的量，其价值不如 Ｓｈａｎｎｏｎ多样性指数和 Ｎｅｉ基因多样性指数，而采用Ｎｅｉ指数时不必进行Ｌｙｎｃｈ－－Ｍｉｌｌｉｇａｎ矫正。对个体间遗传关系进行分析时，１７种遗传相似性指数矩阵两两之间的Ｍａｎｔｅｌ检测都表现出极显著的相关性（ｒ＞ ０．９５，ｔ＞ｔ０．０１），且 ＵＰＧＭＡ聚类图的模式基本相似。基于φ统计量（φｓｔ）的分子方差分析（ＡＭＯＶＡ）和基于Ｈａｒｄｙ－Ｗｅｉｎｂｅｒｇ平衡假设的Ｎｅｉ遗传距离分析结果具有显著相关性，它们都适合用于遗传结构分析，且应用后者时应通过Ｌｙｎｃｈ－Ｍｉｌｌｉｇａｎ矫正减少显性遗传对变异估计偏低的影响，增加检测居群间遗传分化的能力。此外，ＡＭＯＶＡ分析、Ｇｓｔ分析和Ｓｈａｎｎｏｎ多样性指数巢式分析都得出一致的结果，表明疣粒野生稻的遗传变异绝大部分存在于地区之间，而地区内和居群内的多样性程度较低。