钩藤（Uncaria rhynchophylla）为我国常用大宗中药材之一，主治头痛眩晕、阿尔茨海默和高血压等症，其有效成分主要为萜类吲哚生物碱（terpenoid indole alkaloids, TIAs）。异胡豆苷合酶（strictosidine synthase, STR）是TIAs生物合成途径中的关键酶，目前在钩藤中还未见报道。为了寻找参与钩藤TIAs生物合成的STR基因，本研究采用LC-MS法测定钩藤的根、叶片、茎钩、蒴果等不同部位中钩藤碱和异钩藤碱的含量，比较筛选4种总RNA提取方法。全长克隆了1条可能参与钩藤TIAs生物合成的候选基因UrSTR，并进行了生物信息学分析，利用qPCR分析了UrSTR在钩藤不同部位中的表达模式。结果表明：（1）通过LC-MS法测定，钩藤碱与异钩藤碱在钩藤蒴果中含量最高，根中含量最低。（2）改良CTAB法为钩藤不同部位总RNA的最佳提取方法。（3） UrSTR基因全长为1 122 bp，编码一条374个氨基酸的肽链，具有跨膜螺旋结构，理论分子量为41.446 kD，理论等电点为7.549，在进化分析中发现，其与阿拉比卡咖啡（Coffea arabica）和中果咖啡（C. canephora）的STR基因聚为一类，亲缘关系较近。（4） q PCR结果显示，UrSTR基因主要在钩藤蒴果中表达，根中的表达量最低。通过分析发现，UrSTR基因的表达量与钩藤碱/异钩藤碱含量的趋势一致，提示UrSTR基因可能是钩藤STR候选基因之一，参与了TIAs的生物合成。本研究为UrSTR基因的功能验证和钩藤生物碱合成途径的解析提供了参考。