1915年2月14日，鲁迅日记有一段记载：“午前往章师寓，君默、中季、逖先、幼舆、季巿、彝初皆至，夜归。”章师即章太炎。当年他以大勋章作扇坠，临总统府之门，大诟袁世凯攘夺国权，妄图复辟的祸心，被当局软禁于北京贤良寺。鲁迅是众所周知的章门弟子，而马叙伦1911年夏经章太炎介绍，在日本加入同盟会，所以他们结伴去探望章太炎，畅谈了整整一个下午。同年10月22日，鲁迅将他跟周作人共同辑录的《会稽郡故书杂集》一册寄赠马叙伦。这是一本关于绍兴的乡邦文献史料，记述了浙江的风土人情，也记述了会稽的先贤轶事。马叙伦是浙江杭县（今余杭）人，所以鲁迅这次赠书蕴含着多重意义。
　　鲁迅跟马叙伦在政治上的第一次协调动作，是共同参与了反抗北洋军阀的“索薪”斗争。北洋军阀统治时期，由于穷兵黩武，内战频仍，致使政府各部门经费支绌，尤以教育经费更为拮据，产生了农商部抵押劝业场，内务部出售旧贡院，参谋部出让大操场，国务院秘书厅拍卖所藏宋版书等光怪陆离的现象。当年也有教育部決定将全部家具（除文物外）自行交付拍卖的传闻。有一首《索薪歌》开头两句就是：“欠薪不发无奈何，徒叫饭桶起风波……”
　　1919年冬，北京大中小60多所公立学校教职员发起“索薪”运动，马叙伦被北京大学、北京高师和医专公选为教职员会主席，并担任北京小学以上各高校教职员联合会主席，亲赴北洋政府国务院交涉，于当年12月15日开始罢教，终于迫使当局承诺紧筹教职员薪金。1921年3月，作为北京国立大专以上八校教职员联合会主席，马叙伦再次领导了“索薪”运动；同年4月13日，北京国立大专以上八校学生示威游行以示支持。同年6月3日，马叙伦和八校教职员联合会书记李大钊等赴徐世昌的总统府请愿“索薪”时，还遭总统府马队袭击，被殴致伤。
　　马叙伦等发起的“索薪”运动在北洋军阀统治时期持续不断。1921年12月18日，鲁迅等16位教育部科长主任，联名发表《请薪呈文》，并实行全体罢工。鲁迅还在1923年11月18日发表了题为《教育部拍卖问题的真相》的谈话，提及马叙伦领导的1921年国立八大学联合罢课；但鲁迅同时指出，不能只因欠薪就“革命”，领到薪水就“做官”，而不对现实做彻底的改革。鲁迅说：“真要革命就得到民间去宣传革命，依靠人民的力量来反对政府。”在短篇小说《端午节》中，鲁迅用“人要吃饭，饭要米做，米要钱买”这种简练直白的语言阐明了“索薪”斗争的正义性，并揭露了北洋政府派遣士兵在凄风冷雨中将“索薪”的教员打得头破血流的行径。1926年1月16日，鲁迅作为北京女子师范大学（以下简称“女师大”）赴北洋政府国务院的“索薪”代表，参加了北京国立九校教职员的联合行动。同年7月21日，鲁迅作杂文《记“发薪”》，进一步揭露北洋当局财政每况愈下的情况，认为这种政权已无药可救。
　　在著名的北京女子师范大学风潮（以下简称“女师大风潮”）中，鲁迅跟马叙伦又都跟当时的司法总长兼教育总长章士钊进行过交锋。女师大风潮是因为进步学生反对校长杨荫榆用封建家长观念治校而引发的，而章士钊却派遣军警武力解散女师大，并免去了鲁迅在教育部的佥事之职。为此，鲁迅跟章士钊进行了一场著名的诉讼，以民胜官败而告终。
　　1925年8月10日，马叙伦也给章士钊写过一封长信，既为自己辩诬，也谴责了章士钊解散女师大的倒行逆施行径。原因是章士钊在《北京女子师范大学事上执政（段祺瑞）呈文》中，把女师大风潮的原因归结于马叙伦等人“办事棘手迁延不决”，并以马叙伦解散北京美专作为他解散女师大的先例。
　　马叙伦曾于1924年至1925年3月短期担任过教育部次长，并代理过部长职务。当时女师大学生会曾往教育部递交呈文，指控校长杨荫榆，马叙伦于1925年2月接见女师大学生代表，并派教育部张邦华科长、李光宇秘书前往调查，发现除教育部拖欠女师大经费，难于一时解决之外，“校长办理不善，亦难为讳护”。正准备下文回复女师大学生会时，马叙伦即已卸任。不料当年8月1日在章士钊的支持下，却发生了杨荫榆函请京师警察厅派保安警察以及侦察队、稽查等武装力量强行接收女师大的暴力事件。8月10日，章士钊正式下达“停办女师大令”，又于8月22日派两彪人马将坚守女师大的学生强拖出校，激起了国人公愤。
　　事实上，章士钊解散女师大跟马叙伦整顿北京美专不能相提并论。国立北京美术学校创办于1918年，1923年更名为国立北京美术专门学校，但当时学校管理不善，教职员人数居然占到了学生人数的一半，以致学校总预算只够勉强支付教员薪俸。学校师生对立严重，学生上课人数寥若晨星，被该校外籍教员称为“世界未有”。经整顿后，北京美专增设了音乐、戏剧两系，更名为国立艺术专门学校，聘请著名画家林风眠为校长，音乐家萧友梅等为教师，学校面貌为之改观。马叙伦在致章士钊函中，一针见血地指出女师大之遭遣散，完全是以章士钊为总长的教育部设计陷害所致。1956年7月7日，马叙伦将当年致章士钊函的原稿寄鲁迅夫人许广平，并附一信：
　　广平大姊：
　　我偶检点旧箱，发现三十年前，为了北京女子师范大学风潮致章士钊的信稿，他一箭双雕的办法，我给他这个回击。当时您正在此校，且为当事人之一，因将这封信稿奉送给您。不一。
　　敬礼。
　　马叙伦，一九五六年七月七日
　　由于被北洋政府当局忌恨，1926年三·一八惨案发生后，马叙伦跟鲁迅都被列入了通缉名单。鲁迅在1926年4月13日写的《大衍发微》一文中披露了这份共有48人的名单，在马叙伦名字之后有如下介绍：“（浙江）前教育次长，教育特税督办，现国立师范大学教授，北大讲师。”可见，在北洋政府心中，鲁迅和马叙伦都是属于“党同伐异”的异己力量。
　　如果谈及马叙伦与许广平的关系，一言以蔽之就是：他们之间的直接接触远比马、鲁之间的接触更多。这主要是因为他们同为民进的创会元老。民进成立于1945年12月30日，原是一部分从事文化、出版、教育等工作和工商界爱国民主人士组成的进步团体。1948年秋，中共在香港的领导人方方、潘汉年、连贯等跟马叙伦商议，派遣民进的成员吴企尧护送许广平母子从上海出发，乘火车至杭州、南昌、长沙，又从长沙改乘长途汽车至广州，再从广州乘飞机至香港。1948年11月23日，马叙伦跟许广平母子等会合之后，跟其他三十几位民主人士共乘一艘悬挂葡萄牙国旗的千吨级香港海轮至东北解放区，共商建国大业。1949年2月25日，马叙伦、许广平等民主人士乘专列火车抵达刚刚解放的北平，开始了更亲密的合作。仅据《人民日报》报道，1949年2月3日，马叙伦、许广平、王绍鏊、沙千里、沈志远、罗叔章联名发表了告上海同胞书；3月4日，马叙伦、许广平等发表紧急声明，揭露所谓“中国民主促进会华北分会”是一个假冒的组织；3月22日，马叙伦、许广平等19人议决，将原上海文协总会迁至北平办公，筹建一个新的全国性的文艺界组织……9月21日至30日，马叙伦与许广平等八人作为民进的正式代表参加了中国人民政治协商会议第一届全体会议。此后，民进由一个地区性的进步团体发展而为全国性的民主党派。马叙伦和许广平先被推举为常务理事。1950年4月至1966年7月马叙伦担任主席，王绍鏊、周建人为副主席，许广平先后担任秘书长和副主席。 　　许广平与马叙伦在政治上最成功的一次合作，无疑是提议确定十月一日为中华人民共和国国庆日。在全国政协第一届会议期间，马叙伦为研究国歌、国旗、国都、纪年方案的召集人，许广平是成员之一。马叙伦原有规定十月一日为国庆节的建议，但1949年10月9日下午议事时，马叙伦临时请假不能出席，兹委托许广平代替他来发言。林伯渠当即附议。毛泽东说，这件事应该向政府提议，由中央人民政府决定。10月9日当天，这一提议获得一致通过。
　　回顾马叙伦跟鲁迅、许广平的情谊，既是中国现代文化史的一段佳话，也是民进会史上的一段佳话。
　　附：马叙伦致章士钊函
　　致章行严教长书
　　行严仁兄总长：
　　顷读《晨报》载吾兄为北京女子师范大学事上执政呈文。中有牵涉弟者，不审命意所在，不能有一言之。吾兄呈谓北京女子师范大学校长杨荫榆为校内一部分学生所反对。呈词互讦，由来已久。本部前任次长马叙伦，总长王九龄均以办事棘手迁延不决。查弟在部时，选拔女师大学生会呈控杨荫榆校长。弟初以空具某会名义呈控事件，概无理会之必要，照例收档而已。即有以该会代表求见申诉者，亦属秘书告以风纪所关，倘有不实，理应严惩。慎毋轻率以贻后悔。及本年二月间，该会又复呈催，弟始亲见该会代表，剴切导诲，代表执辞不屈。乃告以为校长办理塙有不合。应按公文程式，依法具名盖章呈诉，以便虚实皆可凭办。冀其或有虚构，知所敛束。乃越日，即有具名盖章公呈来部，弟犹以青年学子，既异凡民，况在闺秀，尤当善导。即召具各生到部，将呈控各节，除关学校行政各款，未经调查，无从判说。如谓校长任用私人侵吞公款及其他各款，皆委曲判说，晓斥兼函。当时各生即有声明不明手续陂生误会者，如因教员空乏，支出较省，薪修余款，乾入私囊，之类。余仍执称故有实据，发言者且愿负其全责。弟乃告以部中办事，不能仅凭一面之辞，究竟虚实若何，当经调查。嗣后即派科长张君邦华、秘书李君光宇前往勘查，即经先据面报，除关经费一项，因部欠甚多，一时无从着手。此外各节，学生所呈，固有未实之处。校长办理不善，亦难曲为讳护。正令具文呈复，一面定有解决办法，事际垂决。值弟卸部，竹村到部，不待该员呈复。别派调查。此后关于该校风潮，仅于报耑读悉一二，弟固不复尽知矣。此情本月三日于右任吕戴之诸公为上海劝业女师事招饮于欧美同学会，宴毕，当已为兄略陈。座上诸公皆所共闻，为日无多。想兄不至健忘之速。乃兄呈语若谓弟有所畏难，致贻兄今日出于解散停办者，弟不甘负此责也。况如兄呈所谓驱逐校长封锁公室，详情如何，弟亦未谂。仅于报耑知有此举。然弟离部久矣，竹村离京。
　　兄兼长部，不久赴津，滞留弥月，然自津还，阳不到部而阴持部务，参司秘书，衙参法署，为日亦久，则兄所谓未实行负责者，弟昧于法律，愧不能解也。再兄呈末云，拟请查明马前次长处理美术专门学校成例，将该大学暂行停办，查历来公文，如有援引本部成案，则称查照本部前办某案云云。如援引他项机关成案，则称请照某机关某案办理。盖以事既执行，即成机关故事。苟非发生法律问题，不当追溯当时负责之人。今兄呈必曰查明馬前次长云云，虽不过文字之细末。
　　兄以书生学当官，或且委之不习吏事，然窃诵全文，俨然刀笔善技，则此区区数字之间，实深斟酌出之。顾查京师解散学校之事，不自美专始，自有成案可查，教育行政机关于万不得已之时，出以必要之手段，固中外所常有。即就弟之处置美专言，与兄今日之处置女师者殊。美专风潮，积以经年，其初因不具论，澎湃溃决，其影响浸及于全京师之学校者，谁实致之，舆论固昭昭然矣。去秋部派陈佥事延龄暂充美专校长，纠纷益滋，校内情形，琐屑者不暇举。如教职员几占学生人数二分之一，主任教员薪水之大者，超过国立大学教授薪俸最高级之上，每月支出超过预算二成以上。仅薪俸一项，几占预算金额，而实际则教职员学生分派对峙，教员学生，上课寥落，固一一在人耳目。该校外国教员某函诧为世界所未有。而怪若无上级监督机关者然。弟代部以后，知非别任校长，不足以资整顿。所聘校长，不敢自谓上选。然固高出旧任，社会所同评也，乃部令未下，该校已知。暂充校长并请假，托故离京，重要职员啸聚学生，图抗部令，新任校长到校，遂遭拒绝，职员会同学生，封匿校印。经弟一再劝诫，充若无闻，百策俱穷。乃始谋之参司，不得已而有忍痛断腕之举。然心固慊然，以为青年学子，来受教育，吾辈不能训迪裁成，转令一二自私自利之徒，利用其易动之感情，鼓盪其未定之血气，使之冲罗决网，陷于不韪，而后以严罚随之，则亦安用教育为？今兄于女师大之风潮，不甚求悉其经过，而一绳之以法，法所以济情理之穷，女师大之风潮于情理早可以了，而使之迁延因而溃决，负其责者不能不谓教育部者也。故女师大今日之遭解散，不能不谓教育部设井以陷之。然而且万恶加于十百青年之女子，诋之等于倡妓，于乎。
　　兄落苇之际，曾为此十百青年之闺秀一思之否乎？曾为中国女子教育前途一思之否不亦甚乎？草此布陈，不尽欲言，甘冒尊严，自身投吏。
　　弟马叙伦手上
　　十四年八月十日
　　（此信由肖振鸣整理）