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文章根据前人研究成果及国务院在2014年印发的《关于近期支持东北振兴若干重大政策举措的意见》,基于二分类思想,首先建立评价模型测算东北三省的创新水平,并对比分析区域经济的变化趋势。随后针对东北三省几年来经济下滑现象,从创新水平角度出发研究东北三省创新水平和区域经济的结构变化关系。结果得到10多年来东北三省的创新水平与区域经济之间并不一致,三省格局不同,表现出不同的变化模式。仅辽宁省和吉林省创新水平与区域经济具有较强的均衡结构关系,且这种结构关系更凸显为创新水平对区域经济的单向影响作用。所以为促进东北三省经济的协调发展,应差别化引导三省的发展,在重视创新水平的引导作用前提下,差别化地协调区域经济的发展。