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采用传统分离计数法分析了单施有机肥、单施复合肥、复合肥＋有机肥混合施用条件下设施黄瓜根际真菌、细菌、放线菌、亚硝酸细菌、硝化细菌、反硝化细菌的消长，同时采用基于rDNA特异性扩增的变性梯度凝胶电泳（DGGE）技术分析了黄瓜根际细菌遗传多样性和均匀度。结果表明，单施有机肥最有利于根际真菌和放线菌的生长繁殖，对于根际亚硝酸细菌、硝化细菌的生长繁殖也具有一定的促进作用，根际细菌多样性指数和均匀度指数均较高。施用有机肥是一种比较理想的施肥方式。