【摘 要】
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目的 通过生物信息学分析筛选橘皮素治疗结直肠癌(CRC)的mRNA核心基因并利用生存分析方法验证mR-NA核心基因对CRC的预测效果.方法 使用DMSO溶剂和橘皮素处理CRC的HCT116细胞48 h后进行RNA测序.将测序结果进行预处理和差异表达分析.从差异表达基因中筛选lncRNA关键基因,建立相应的lncRNA-miRNA-mR-NA调控网络,得到mRNA关键基因.通过基因本体论(GO)分析、京都基因组百科全书(KEGG)通路分析和蛋白质互作网络(PPI)分析,得到mRNA核心基因,并利用生存分析方
【机 构】
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河北工业大学人工智能与数据科学学院,天津 300401;河北工业大学廊坊分校,廊坊 065099
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目的 通过生物信息学分析筛选橘皮素治疗结直肠癌(CRC)的mRNA核心基因并利用生存分析方法验证mR-NA核心基因对CRC的预测效果.方法 使用DMSO溶剂和橘皮素处理CRC的HCT116细胞48 h后进行RNA测序.将测序结果进行预处理和差异表达分析.从差异表达基因中筛选lncRNA关键基因,建立相应的lncRNA-miRNA-mR-NA调控网络,得到mRNA关键基因.通过基因本体论(GO)分析、京都基因组百科全书(KEGG)通路分析和蛋白质互作网络(PPI)分析,得到mRNA核心基因,并利用生存分析方法对mRNA核心基因进行验证.结果 差异表达分析后筛选出197个lncRNA差异表达基因、128个miRNA差异表达基因和1938个mRNA差异表达基因.利用lncRNA-miRNA-mRNA调控网络筛选得到5个lncRNA关键基因和117个mRNA关键基因.关键基因的GO分析和KEGG通路分析结果表明它们富集在与CRC密切相关的功能和通路上,通过PPI网络分析得到6个mRNA核心基因,采用生存分析方法验证发现其中有3个mRNA核心基因(FOS、CC-ND2、MXD1)与CRC密切相关.结论 通过生物信息学方法分析橘皮素治疗CRC的分子机制,筛选出3个差异表达非常显著且对患者预后影响明显的基因,为CRC的诊断、治疗和预后治疗提供了新思路.
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