【摘 要】
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为了对湖栖鳍虾虎鱼的皮肤和眼睛进行转录组比较分析,实验通过测序原始数据,经de novo拼接、组装共获得103686个单基因(unigene),N50和平均长度分别为1456和2490 bp.在Nr、Nt
【机 构】
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广东海洋大学水产学院,南海水产经济动物增养殖重点实验室,广东 湛江 524088
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为了对湖栖鳍虾虎鱼的皮肤和眼睛进行转录组比较分析,实验通过测序原始数据,经de novo拼接、组装共获得103686个单基因(unigene),N50和平均长度分别为1456和2490 bp.在Nr、Nt、KO、SwissProt、PFAM、GO及KOG数据库中对上述unigenes进行注释,分别有57380、37343、31700、51277、47020、47555和25604个uni-genes获得注释.对差异基因进行KEGG富集发现,在黑色素生成途径中,tyr、tyrp1和tyrp2等基因在皮肤中明显下调.基因表达差异分析显示,在湖栖鳍虾虎鱼皮肤和眼睛中共有8113个差异表达基因(DEGs),其中3174个DEGs在皮肤中上调,4939个DEGs在眼睛中上调.通过实时荧光定量PCR(qPCR)对10个DEGs的验证,确定了RNA-Seq分析正确.本研究丰富了湖栖鳍虾虎鱼的体色研究,为湖栖鳍虾虎鱼遗传资源的利用提供了数据,也为进一步研究鱼类绚丽的体色形成机制提供了参考.
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