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辣／甜椒C基因测序比对后证实了甜椒C基因5＇端约689bp的缺失可能是造成其辣味缺失的原因。牛角形甜椒‘0538’的C基因不存在这一缺失，却在编码区第40位碱基处有一个G到A的突变，可能导致信号肽内第14位疏水性天冬氨酸变为亲水性天冬酰胺，不能完成辣椒素的合成，最终辣味缺失。辣／甜椒品种共有长片段Catf2基因，与C基因在核苷酸序列上有88．9％的相似性。