【摘 要】
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目的 Dof(DNA binding with one finger)基因家族是植物特有转录因子基因家族之一,在植物生长发育和其他非生物胁迫响应中起重要调控作用.本研究以工业大麻基因组中的Dof转录因子作为研究对象,针对Dof基因家族的基因结构、染色体定位、编码蛋白的理化性质及系统发育等方面进行分析.方法 本研究通过生物信息学手段对工业大麻Dof基因进行鉴定和分析,使用PlantTFDB、ExPASy、MEME、WoLFPSORT、PlantCare等在线网站及TBTools、MEGA、Clustal、G
【机 构】
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淮北师范大学生命科学学院,安徽省特色资源植物利用工程实验室,安徽淮北235000;中国中医科学院中药研究所,中药鉴定与安全性检测评估北京市重点实验室,北京100700;广州中医药大学中药学院,广州51
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目的 Dof(DNA binding with one finger)基因家族是植物特有转录因子基因家族之一,在植物生长发育和其他非生物胁迫响应中起重要调控作用.本研究以工业大麻基因组中的Dof转录因子作为研究对象,针对Dof基因家族的基因结构、染色体定位、编码蛋白的理化性质及系统发育等方面进行分析.方法 本研究通过生物信息学手段对工业大麻Dof基因进行鉴定和分析,使用PlantTFDB、ExPASy、MEME、WoLFPSORT、PlantCare等在线网站及TBTools、MEGA、Clustal、Gendoc等软件进行预测、可视化分析.结果 研究发现,大麻中含有27个Dof基因成员,命名为CsDofl～ CsDof27;染色体定位分析结果表明,27个Dof基因不均匀地分布在9条染色体上.由理化性质分析可知,氨基酸数目在185～512 aa之间,等电点介于4.91 ～9.22之间,所有Dof基因定位在细胞核中;通过对大麻和拟南芥Dof蛋白的系统发育分析,Dof基因家族可以被分为9个亚组.结论 大麻Dof基因具有多个顺式作用元件,转录组数据表达热图显示部分大麻Dof基因具有茎和花组织表达特异性,未来研究将重点放在大麻花序中特异性表达的Dof基因上的功能研究.
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