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生物信息学作为一门综合运用分子生物学、数学和计算机等学科的理论和方法的交叉学科为阐明和理解海量DNA序列数据所包含的生物意义提供了可能。而海量的数据信息，使得生物序列比对计算需要耗费大量的时间，本文中针对此问题，实现Windows API，OpenMP的并行算法，比较各自的加速比和最优比对序列。