牛背梁保护区成立后，由于资金等问题，从1993年才开始设计。保护区立足于国营林场，在位于两地一市(西安市、商洛地区、安康地区，现已改为西安市、商洛市以及安康市)的交界处建立起来。1994年初，管理局办公地点从柞水县搬迁到长安县(现为西安市长安区)，到该年年底，整个筹建处编制为19个人，实际人员却只有9位。由于保护区管理局属于部省两级共同筹建的单位，筹建之初获得了部级投资135万元，省级投资135万元。到1997年，保护区初具规模，撤销了筹建处，正式成立陕西牛背梁国家级自然保护区管理局。
　　GEF项目的引入
　　1995年，在全球环境基金(GEF)资助下，《中国自然保护区管理项目》正式启动，有了GEF的资助，牛背梁国家级自然保护区得以借鉴和学习世界自然保护区先进管理经验，获得了提高自身保护管理水平的机会。GEF主要是以赠款或其他形式的优惠资助发展中国家，牛背梁国家级自然保护区正是这些项目中的一个。保护区的毕永周主任介绍说，这个GEF项目是由国家林业局和世界银行谈判的结果，此保护区属于国家40个优先发展的保护区之一，正是在这次项目的实施过程中，保护区实现了它的跨越式科学发展，并通过GEF这一渠道，在最短时间内了解和学习了全球最新的、最有用的生态环境科学技术，并将其用于保护区的管理与培训中。
　　培训树立信心
　　据毕主任与几位保护区第一代护林员介绍，自从GEF项目开始后，管理局在项目组指导下有计划地开展各种项目，其中，GEF项目最重要的方面就是培训相关人员，于是管理局在项目导向下按需要举办了各类培训班，对保护区的人员进行培训，培训的内容包括保护资源的方法以及保护资源的基本常识等，培训主要从保护区管理人员的保护意识入手进行培训。
　　自1995年开始，GEF组织了世界银行管理咨询专家，管理计划专家、数据管理专家、培训专家，加上我国林业部保护司、世行中心、陕西省林业厅，以及陕西省动物研究所、西北林学院森保系、陕西林业勘察设计院等科研、教学单位都参与进来，从管理计划人手，对即将实施的科学化管理进行了战略性的规划，对兽类、鸟类、两栖爬行类、森林资源、植被类型等做了深入细致地调查，为管理计划提供了可信数据，针对保护区的情况，有针对性地对保护区管理人员以及当地社区居民进行了培训，宣传、教育，为保护区的可持续发展提供了基础。
　　从“猫捉老鼠”到亲如一家
　　首先，为全面保护自然资源，更明确保护区的边界，使其明晰可辨。近年来更是形成了核心区、缓冲区以及实验区。同时，建立了生物走廊带，将保护区域与其他自然保护区连接起来，为了加强管理，在进行走廊带可行性研究的同时，也添设了哨卡，加大了巡逻力度，并加强区内外道路管理，遏制了大规模的森林盗伐现象；在加强管理的同时，也为增加管理局的员工工作信心，为今后的发展指明了目标与方向，也改变了管理局与社区居民的紧张关系。如在管理局成立之初，管理局不仅人员少，而且也局限于“猫捉老鼠”的游戏中，当地居民当时基本是”靠山吃山”，靠上山打猎、挖药、砍树来获得经济收益，所以，保护区成立后，人们知道保护区里的东西明着是不能动的，于是就开始了暗暗的行动。只要保护区的车一出动，村民们马上停止活动，保护区这边没动静，村民们马上开始活动。而且由于他们从小在山里长大，熟悉环境，爬山，下山的本领远超过保护区的管理人员，即使在山上偶然“狭路相逢”，他们也能背着一根200斤重的木料，撒开两腿，上梁下山，在保护区管理人员眼皮底下跑得无影无踪，当管理人员还在气喘吁吁地寻找他的踪迹时，他已经轻松自如地回到了家。所以，保护区的管理人员与当地居民的关系很紧张，据管理人员回忆，当他们带领大学生去社区调查时，都不敢说自己是保护区的人，这件事现在提起来就如同笑话，然而在十多年前，这的确是不争的事实。
　　为改变这种局面，项目中还按计划开展了宣传教育活动，主要是针对公众教育，以提高保护区知名度及公众生态保护意识，他们开展了大量的工作：如通过宣传片、张贴画或年历向公众介绍保护区的概况和政策等，还定期举办自然保护区知识讲座，为吸引民众的兴趣，他们采取了放映电影的做法，利用放电影前的时段向公众介绍相关护林知识，而且，注重对中小学生的教育，采用夏令营的方式寓教于乐，在大自然中学会认知；保护区管理人员通过举办“爱鸟周”活动，在学校担任校外辅导员来为学生宣讲环保知识：管理人员还利用在项目中积累的经验与资料，加上国家林业局自然保护区二期，三期工程建设项目的投入，在保护区管理局的办公大楼专门建有“牛背梁生物多样性标本展示馆”，通过实物、图片、标本等的展示以及管理人员的讲解，观众可以了解保护区相关的珍稀动植物的知识，起到了非常好的宣传教育作用。随着各种护林知识的普及以及生态环境的日趋好转，人们也逐渐意识到了人与自然之间的相互关系，在牛背梁一带，人们淳朴的护林观念可以用一句山民的话语来总结——“我们要靠山养山”。
　　爱的传递
　　在项目实施过程中，管理人员还从生态系统和自然资源保护、扶持社区发展经济的目的出发，对保护区进行了人性化管理，如为村民引进了地膜洋芋栽种技术，为当地居民提高经济收入提供了技术保证，也使村民不再单纯“靠山吃山”。他们甚至为村民出谋划策，如栽种药材，开发农家乐，外出打工等，通过这些措施，让村民感受到了比上山采药和打猎更能提高生活水平的生活方式。在这个过程中，也让保护区周围的村民感受到了管理人员对他们的关心，也理解了管理局工作人员的苦心。除此之外，管理人员也尽自己所能帮助村民，如管理局的前筹建处毕永周主任，在项目推进期间，了解到保护站社区一名小学生由于父亲去世，家庭困难以致面临辍学的危险时，他不仅为这名学生提供了学费，而且还积极关心孩子的身心健康，并定期与孩子的班主任和任课教师联系，从各方面关心他。每逢假期，毕主任还会将孩子接到西安，甚至北京，让孩子能感受到城市的气息，开阔视野，增长见识，这种关心一直从孩子的小学到大学，从毕主任在自然保护区工作开始，直到孩子离开保护区，到了北京工作。在这份浓浓的关爱之中，孩子慢慢长大，也学会了感恩与奉献，大学毕业后选择了从事教师行业，目的就是希望通过自己的努力将这种爱、这种精神，这种情怀、这种对人对事的态度传递下去，用这种精神来回报社会。在访谈中，我们还得知曾经有一名村民在放牛的过程中被金钱豹给抓伤了，村民找到保护区要求处理，但是由于保护区没有这项开支，而村民又由于生活比较困难无法解决医药费，又是毕主任以个人的名义拿了些钱作为该村民的医药费，使他得到了及时救治。在保护管理工作中，管理人员也会根据情况为农民解决一些实际问题。在访谈中，我们发现这种管理者和村民之间的和谐关系无处不在，也是在这种关系构建中，村民与管理人员之间关系不断改善，保护区的工作效果也不断显现。
　　人员培训是机构发展的基础
　　没有高素质的管理人员，就无法实现高水平的管理。为了提高工作人员素质，GEF项目还专门针对保护区人员做了两类培训：一种是针对新进人员，主要是进行上岗必备知识培训，让其了解牛背梁保护区发展的历史现状以及自然保护区管理的法规知识培训，第二类是针对老员工，进行轮流培训，通过他们形成一个培训网络，从保护区管理层面、巡护层面、社区管理以及科研多方面进行了培训。
　　毕主任以及其他访谈到的保护区人员均认为这个项目对保护区的可持续发展起了很大作用，1995年至2001年期间，该款项的投入和项目的进行促进了保护区的建设发展，譬如说技术设备得到更新，人员得到培训，虽然在项目进入前，保护区也进行了一些防火宣传，但是系统的成体系的培训是在项目进入后才开始的；保护区积极普及科技知识、防火常识，依托当地资源，为当地百姓开发了一些科技产品。如为了减少村民砍伐木柴的量，首先从灶具的研发入手，针对牛背梁的实际情况，研发了“节柴灶”技术，为节约燃料开发了可行的途径。在推广中，他们采取了部分带动整体的做法首先把研发出来的产品给示范户使用，在取得效果后，又加以推广，使周边的村民都接受了这种改进技术。