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总结了水环境中主要致病菌及其导致的疾病;介绍了检测水环境样品中致病菌的聚合酶链式反应(PCR)、实时定量PCR、等温扩增技术、生物传感器和高通量测序等分子生物学技术研究进展;分析了不同检测技术的优缺点和应用特点;提出了水环境中致病菌分子生物学检测技术的未来发展方向,为水环境中致病菌分析检测和风险控制提供研究思路和技术支撑。