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人畜粪便是造成水体病原菌污染的主要因素之一,快速、正确地判别水体污染的来源对保障饮用水及环境水体安全尤为重要.近年来,利用微生物进行水体病原菌污染的溯源分析已成为国际上的研究热点.该文简要介绍微生物溯源技术的基本原理,着重阐述了该技术的方法学,并进一步提出了微生物溯源技术与应用结合的未来研究方向,以期为同领域专家学者提供参考,促进微生物溯源技术在我国的应用.