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基于福建省、台湾地区2016年41家农民专业合作社、农会、农业合作社的调查数据，运用三阶段DEA方法，测度了海峡两岸农业经济合作组织效率。研究发现，海峡两岸农业经济合作组织技术效率水平偏低，规模效率不高是导致技术效率偏低的主要原因；外部环境因素对农业经济合作组织技术效率影响较大，但环境因素的影响程度、方向有所不同；两岸农业经济合作组织效率差距较大，大陆地区农业合作社在规模、管理水平、技术水平等方面同台湾地区有较大差距；两岸农业经济合作组织均处于规模报酬递增阶段，可适度扩张规模提升运营效率。