【摘 要】
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[背景]多杀性巴氏杆菌(Pasteurella multocida,Pm)是一种革兰氏阴性菌,可引起动物和人类的呼吸道疾病和败血症等.本实验室前期分离鉴定一株A型Pm HN02菌株.[目的]通过对HN02菌株的全基因组测序及生物信息学分析,扩充多杀性巴氏杆菌的基因组数据库信息;通过毒力基因鉴定和系统进化树分析,明确该菌株含有的毒力基因和遗传进化关系,为临床预防和诊断提供理论依据.[方法]使用单分子实时测序(Single Molecule Real Time Sequencing,SMRT)技术对Pm HN
【机 构】
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海南大学动物科技学院海南省热带动物繁育与疫病研究重点实验室海口市动物基因工程重点实验室 海南海口570228
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[背景]多杀性巴氏杆菌(Pasteurella multocida,Pm)是一种革兰氏阴性菌,可引起动物和人类的呼吸道疾病和败血症等.本实验室前期分离鉴定一株A型Pm HN02菌株.[目的]通过对HN02菌株的全基因组测序及生物信息学分析,扩充多杀性巴氏杆菌的基因组数据库信息;通过毒力基因鉴定和系统进化树分析,明确该菌株含有的毒力基因和遗传进化关系,为临床预防和诊断提供理论依据.[方法]使用单分子实时测序(Single Molecule Real Time Sequencing,SMRT)技术对Pm HN02菌株进行全基因组测序,利用Illumina测序校正后进行基因功能注释和生物信息学分析.使用PCR鉴定菌株毒力基因,并构建进化树进行分析.[结果]Pm HN02菌株全基因组大小为2333292 bp,GC含量为40.15％,预测到的编码基因有2389个,包含19个rRNA(6个23S rRNA、6个16S rRNA、7个5S rRNA)、62个tRNA基因、5个sRNA;含84个串联重复序列、66个小卫星DNA、2个微卫星DNA、9个基因岛、9个前噬菌体;分别有1648、2190和1917个基因注释在GO、KEGG和COG数据库中,而且大部分富集于Pm的代谢过程;还有85个Ⅲ型分泌系统效应蛋白、191个表型突变基因、165个毒力因子相关基因.根据分析结果绘制该菌株的全基因组圈图,并将基因组信息提交至NCBI后获得登录号cp037865.PCR鉴定发现该菌株含有fimA、toxA等14个毒力基因,缺失了tadD等毒力基因.系统进化树分析发现该菌株同北京的Pm3菌株(MH150895.1)进化关系最接近.[结论]研究完成了A型Pm HN02株的全基因组测序和生物学特性鉴定,揭示了其同国内外Pm分离株的进化关系,为预防Pm疾病流行和探索Pm致病机制提供了参考.
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