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在科技体制改革深入推进的背景下,农业科研机构科技论文评价机制有待进一步完善。文章深入分析了科技论文评价的现状与存在的问题,指出了完善科技论文评价机制的工作思路,总结了中国农业科学院开展科技论文评价的实践探索,提出了强化评价导向、突出农业学科特点、深化代表作制度等助推农业科研机构进一步开展科技论文评价工作的建议。