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达尔文的进化论出现以后,人类开始认识到生物界各类群之间可能存在某种关联,并希望尝试通过各种方法去发现并解释这种关联.DNA测序技术的发现使人类从形态学水平转变为从序列水平研究种群间的关联,而计算机技术的发展也开始为这一领域服务,生物信息学(bioinformatics)便应运而生.系统发生分析是生物信息学的一部分,是根据现有生物基因或物种多样性来重建生物的进化树,让人们比较形象的用进化树来代表基因序列间的进化关系. 关键词：系统发生分析;比对;建树;评估