抗击新冠肺炎疫情是对国家治理体系和治理能力的一次大考，也是对基层治理体系和治理能力的一次全方位“体检”。在疫情防控过程中，基层政府和基层干部投身一线，为疫情防控作出了巨大贡献。应该承认，我国的基层治理总体上是有效的，基层干部也是经受住了考验的。但是，疫情防控也折射出了基层的一些突出短板，亟需引起重视。
　　条块分割问题依然严重。虽然各级政府都在第一时间建立了疫情防控指挥部，对疫情防控工作集中指挥。但是，各个部门各行其是，上下级之间权责不对称的现象依然突出。比如，疫情防控初期，各部门都按常规将防控任務下沉，自己则变身为督导和督察部门。很多基层干部反映，基层疲于应付各级的报表和督察检查，却从未见过一个部门来解决基层缺乏口罩等防疫物资的问题。
　　基层缺乏应急意识，未能及时进入战时状态。相关法律法规并未规定基层的应急职能，亦未提供明确的疫情防控的预案和操作规程。以至于，基层普遍都在“慌乱”中开展疫情防控工作。很多地方，前期的疫情防控总是“慢半拍”，而后期又出现了不少过激行为。比如，很多地方底数不清，延缓了疫情防控；还有一些地方，不切实际地采用和模仿各类“硬核”措施，制造了不必要的社会恐慌，并激化了干群矛盾。
　　基层治理资源不足，迟迟得不到充实。基层治理资源有限，无论是人力、物力和财力都受到极大限制。根据笔者的调查，大部分地区在常规状态下都是超负荷运作，几乎没有为战时状态提供一定的冗余资源。在不少地区，因为“平”“战”转化机制不畅，基层治理资源长期得不到充实，延误了人员排查、社区管控、居家服务、群众安抚等疫情防控工作。哪怕是在武汉市，街道和社区也是在2月9日干部下沉后，治理力量才得到有效充实。
　　基层治理体系僵化，一方面是因为近些年来的基层工作的规范化程度越来越高，大量事务都习惯于常规处置，轻易不敢采取权宜措施，基层已经没有了多少灵活性。另一方面则是因为，基层一直在超负荷运作，已经习惯了在上级的指挥棒下工作，丧失了自主性。因此，基层在面对应急事务时，仍然没有动力和条件积极应对。
　　疫情防控期间，很多地方的社会治理共同体优势并未发挥出来，反而出现了不少治理资源内耗的现象，严重影响了疫情防控工作。典型表现是，“一个人干活，九个人监督”，这不仅导致了官僚主义形式主义问题，还在极大地挫伤了基层积极性。乡镇、街道虽然名义上获得了较多的行政资源和事权，客观上也增强了治理能力，却很容易因为属地责任而被问责，他们往往有权不敢用。可以说，这些年基层治理最大的问题便是督查检查泛滥，而其根源便是业务部门不务正业，反而去做纪检监察机关做的督察检查工作导致的。
　　基层治理短板亟需解决。当务之急是要准确定位基层治理的方向、目标和路径。概言之，基层治理有三个阶段，一是服务，通过增加资源投入增强服务能力；二是治理，在服务群众的过程中提升基层组织的治理能力；三是自治，基层组织要从服务者转化成组织者，要把居民组织动员起来，实现居民的自我管理、自我教育和自我服务。只有组织和动员起来的群众才是最重要的治理资源，才能应对非常规的治理需求。在这个意义上，亟需改变异化了的基层治理结构。纪委监察部门要从部门手中收归督查权力，避免检查督查泛滥；切忌自治组织行政化，要回归其自治本质，专职化、规范化和问责等措施，在基层要慎重使用。