第一阶段：18世纪后半叶至20世纪初

　　1776年，英国医生爱德华·詹纳通过实验证明，接种“牛痘”能预防天花，牛痘疫苗成为一项划时代的医学发明，免疫接种也从此成为人类社会的“必需品”。
　　80多年后，巴斯德发现细菌在人工培养基上生长会降低毒性，在此基础上发明了减毒活疫苗技术，于1881年制备出了人工减毒炭疽活疫苗。虽然不知道狂犬病的病原体是病毒而非细菌，但算得上误打误撞，狂犬病疫苗研究也取得了成功。
　　卡介苗、伤寒疫苗和霍乱疫苗也随之被制出，1897年又有了鼠疫疫苗。
　　另一个里程碑是确定了某些疾病是由细菌分泌的外毒素引起的，贝林和北里柴三郎于1890年发现抗体，并使用来源于马的白喉毒素抗体治疗白喉取得一定成功。白喉类毒素和破伤风类毒素在此基础上问世。

第二阶段：20世纪

　　1930年，在鸡胚尿囊绒毛膜上培养病毒的组织培养技术诞生，黄热病疫苗和流感疫苗从而诞生。
　　到了50～60年代，灭活和口服减毒活的脊髓灰质炎疫苗先后面世，使得通过组织培养来获取减毒病毒疫苗的技术路线进一步成熟。
　　60年代，麻疹疫苗、流行性腮腺炎疫苗和风疹疫苗先后研发成功，并于1971年制成了麻疹一流行性腮腺炎一风疹三联疫苗。
　　1979年，世界卫生组织宣布天花已被根除，这无疑标志着人类的免疫预防事业取得了一次巨大的成功。
　　通过以物理、化学方法提取、纯化细菌表面荚膜多糖而制成多糖一蛋白结合疫苗，人们又得到了A群脑膜炎球菌疫苗、肺炎23价多糖疫苗、侵袭性b型流感嗜血杆菌疫苗等疫苗。
　　基因重组技术使得获取大量纯抗原分子成为可能，乙肝病毒表面抗原（HBsAg）代表了作为疫苗的单一蛋白质的新纯度水平，它也是运用DNA重组技术制造的第一款疫苗。

第三阶段：21世纪

　　反向疫苗学是从全基因水平来筛选具有保护性免疫反应的候选抗原的疫苗发展策略。它以微生物基因组为平台，对毒力因子、外膜抗原、侵袭及毒力相关抗原等蛋白基因进行高通量克隆、表達，纯化出重组蛋白。然后，再对纯化后的抗原进行体内、体外评价，筛选出保护性抗原，进行疫苗研究。成果有5价轮状病毒疫苗、流感活疫苗。
　　此外，多种载体疫苗、核酸疫苗等新型疫苗也在研发和改进。

减毒疫苗和灭活疫苗