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科研立项和评奖制度的副作用表现在：科研经费严重浪费，导致科研成果的高支出、低效益；课题立项、评奖立项和经费管理漏洞，引发学术腐败；科研立项评奖的行政化，导致科研环境世俗化，导致学者科研精神和动机的庸俗化等。这些弊端使中国学者灵魂深处产生了与科学研究独立、创新、严谨精神相悖的心态和行为倾向，对创新精神起到了阻碍作用，对中国科学发展产生了很多负面的影响。