【摘 要】
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通过生物信息学技术分析比较认知完好的老年人(60～ 99岁)与中青年人(20～59岁)脑部海马组织(hippocampal tissue,HC)的基因芯片数据,初步筛选出差异表达基因,进而预测治疗脑老化的潜在中药药物.从基因表达数据库(Gene Ex-pression Omnibus,GEO)下载GSE11882基因芯片,基于R语言软件筛选差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),通过STRING数据库、Cytoscape软件及其插件分析得到差异表达基因的关键
【机 构】
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中国中医科学院医学实验中心北京市中医药防治重大疾病基础研究重点实验室,北京100700
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通过生物信息学技术分析比较认知完好的老年人(60～ 99岁)与中青年人(20～59岁)脑部海马组织(hippocampal tissue,HC)的基因芯片数据,初步筛选出差异表达基因,进而预测治疗脑老化的潜在中药药物.从基因表达数据库(Gene Ex-pression Omnibus,GEO)下载GSE11882基因芯片,基于R语言软件筛选差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),通过STRING数据库、Cytoscape软件及其插件分析得到差异表达基因的关键基因,对关键基因进行基因本体论(Gene Ontology,GO)及京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)分析,通过关键基因与医学本体信息检索平台(Coremine Medical)相互映射,筛选治疗脑老化的中药,并构建“药物-活性成分-作用靶点”网络.筛选出268个差异表达基因,包括246个下调基因和22个上调基因.差异表达基因共得出15个关键基因,关键基因主要参与白细胞迁移、中性粒细胞活化、细胞趋化运动、小胶质细胞活化、免疫效应过程的调节等生物过程.KEGG通路分析显示关键基因主要富集于炎症过程、免疫反应、细胞因子-细胞因子受体相互作用、PI3K-Akt信号通路、Rapl信号通路、趋化因子信号通路、Toll样受体信号通路、产生IgA的肠道免疫网络通路等.筛选得到治疗脑老化的潜在中药为三七、人参、丹参、黄芪等.差异表达基因和关键基因的分析促进了对脑老化机制的理解,该研究为脑老化中药干预的新药开发提供了潜在基因靶标与研发思路.
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