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肇庆石灰岩共有维管植物91科226属303种.经过对种子植物、蕨类植物地理成分分析和与邻近植物区系比较,表明肇庆石灰岩植物区系服从植物地理分带规律,以热带-亚热带分布成分为主体,表现出明显的南亚热带南缘植物区系性质;同时显示出岩溶基质特点;与紧邻的土山植物区系具有完全迥异的表征科.区系区划上属于华南植物区,位于粤中亚区与粤西-桂中亚区的汇合点.