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学科组织是大学结构的基本单元，也是教授治学的组织基础。学科组织行政化导致学术权力虚化，教授治学难以有效实现。现代大学制度改革试点高校通过学部制改革、学术团队改造和学术特区建设等形式，尝试重构学科组织，实现学术权力回归。“三级组织两级管理”和“契约式管理”都是重构学科组织的有益经验，是实现教授治学的重要路径选择。