【摘 要】
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目的探讨基于CRISPR/Cas的大肠埃希菌分子标志物的监测研究。方法通过BLAST收集GenBank数据库中135株全基因组测序大肠埃希菌、203株鸟枪法测序大肠埃希菌的CRISPR/Cas和PCR扩增、测序获得本实验室保存361株大肠埃希菌（包括38株大肠埃希菌O157∶H7）的CRISPR序列，应用CRISPR Finder在线软件分析CRISPR特征、DNAMAN软件进行间隔序列的比对，使
【机 构】
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450001 郑州大学公共卫生学院流行病与卫生统计学系；453003 新乡医学院分子诊断与医学检验技术河南省协同创新中心,450001 郑州大学公共卫生学院流行病与卫生统计学系,450001 郑州大学
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目的探讨基于CRISPR/Cas的大肠埃希菌分子标志物的监测研究。
方法通过BLAST收集GenBank数据库中135株全基因组测序大肠埃希菌、203株鸟枪法测序大肠埃希菌的CRISPR/Cas和PCR扩增、测序获得本实验室保存361株大肠埃希菌（包括38株大肠埃希菌O157∶H7）的CRISPR序列，应用CRISPR Finder在线软件分析CRISPR特征、DNAMAN软件进行间隔序列的比对，使用Clustal Ⅹ进行cas多序列比对和Mega 5.1软件构建系统进化树。
结果本研究以全新的视角对大肠埃希菌的CRISPR/Cas位置进行描述；结果显示，135株全基因组测序、203株鸟枪法测序和361株本实验室测序的大肠埃希菌中分别有77.04%、100.00%和75.62%的大肠埃希菌具有CRISPR1，分别有74.81%、100.00%和92.24%的大肠埃希菌具有CRISPR2，分别有11.85%、0和1.39%的大肠埃希菌具有CRISPR3和CRISPR4; GenBank数据库下载的全基因组测序的1株和本实验室测序的2株大肠埃希菌存在4个CRISPR位点；缺少cas的CRISPR1下游有插入序列存在。在699株大肠埃希菌中，8株O55∶H7、180株O157∶H7、8株O157∶HNM、40株O104∶H4、4株O145∶H28有独特的CRISPR；间隔序列的缺失可发生在CRISPR中间；依据I-E和I-F的cas构建系统发育树，均可分为两类。
结论大肠埃希菌的CRISPR/Cas可能作为鉴定强毒株大肠埃希菌或者新型菌株的分子标志物。间隔序列的缺失或获得可能与噬菌体有关。
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