直到晚年，周汝昌的生活才相对平静。
　　此前的近半个世纪内，他的命运随着政治风云的变幻，曾不由自主地卷入到一系列的纷争中去。这一切，均由他的心血之作《红楼梦新证》所触发。
　　30岁时，正在读大学的周汝昌发表了《曹雪芹卒年之新推定》。命运的偶然在于，初试啼声的他就此得到了声名赫赫的胡适的关照。
　　从此，两人开始了书信往来。1948年，正埋头撰写《红楼梦新证》的周汝昌特意跑到北京王府井的胡适家中拜访。令周汝昌激动的是，胡适竟然将珍藏多年的孤本《甲戌本石头记》慷慨地借给他翻阅，后又让在燕京大学任教的孙楷第将珍藏的《四松堂集》乾隆抄本和有正书局石印大字本《戚蓼生序本石头记》一并拿给周汝昌研究。
　　1953年，《红楼梦新证》初版。此前，“红学”虽已成为20世纪的三大显学之一，但红学界影响力颇巨的著作也不过是胡适于1921年出版的《红楼梦考证》，以及1923年俞平伯推出的《红楼梦辨》。
　　然而，就在《红楼梦新证》出版的第二年（1954年）9月，刚刚大学毕业的李希凡和蓝翎发表了文章《关于〈红楼梦简论〉及其他》，鲜明地对俞平伯的红楼梦研究提出批评。10月，毛泽东发出《关于〈红楼梦〉研究问题的信》，支持李希凡和蓝翎，提出批判俞平伯等人“毒害青年的错误思想”。
　　由此，一场针对胡适和俞平伯的批判迅速席卷全国。同为“红楼中人”，周汝昌自然也无法置身事外。
　　我考证的目的正是索隐
　　《红楼梦新证》出版的第二年，红学界掀起了批判胡适的滚滚大潮，迫于形势的周汝昌不得不写了文章，说明他与胡适的不同。在异乡的胡适读了并未介意，仍向人推荐周汝昌的《红楼梦新证》为一部“很值得看的书”,并称“他是我在大陆上最后收到的一个‘徒弟 ’”。
　　由此,周汝昌被视为胡适的“衣钵传人”，亦多有人认为其《红楼梦新证》延续着胡适的考证思路。他也被称为“胡适后的红学研究第一人”。
　　2005年，周汝昌曾出版20余万字的《我与胡适先生》，称道其人品和学问，念念不忘先生胡适对自己“爱护有加”。
　　《望东方周刊》：有一种意见认为，您早年是考证派代表，近几十年转向索隐。您认为自己是哪一派呢？
　　周汝昌：看样子我得在脑门上贴个标签，标明自己属于哪一派，让别人一看就明白，哈哈！说我是考证派一点都不错。“证”者，何也？考证是也。
　　说到“新证”，我的“新证”不在“证”，而在“新”。这个“新”是针对胡适说的。胡适作的《红楼梦考证》不是一部学术专著，而是一篇序言，即论文的性质。我得到了他的教益，继承了他的思想，但与他的思想又不完全等同。我的书里添加了自己的创造，所以叫“新证”。如果忘了这点，我的考证就毫无意义。
　　《望东方周刊》：为何 “考证”与“索隐”给人感觉似有水火不容之势？
　　周汝昌：此问根源先要抓住《红楼梦》的开头—— 是作者经历了一番梦幻之后，将真事隐去，借通灵之说撰成此书的。那么其间隐去的真事到底是什么呢？这才发生“索隐”与“考证”的问题：索隐者是以寻找那个“真事”为目的，考证者是为寻找那个“真事”而采用的手段方法—— 两者是同一件事的两个方面而已，不是对立的。
　　“索隐”一法，从《史记》就开始了，《史记》也有隐事要索。我们早先所反对的那种“索隐派”，是指他们所用的方法错误了（比如，将书中的十二个女性人物的艺术形象说成是十二个男性官员、名士的一种影射云云……），而绝非反对“索隐”本身。
　　我之所以被称为“考证派”，只是看到了我的方法，而忘记了我考证的目的却正是索隐。
　　刚才说《红楼梦新证》不在“证”，而在“新”。我的观点新在哪里？直到今天，才被著名大学者刘再复先生点破，他认为：周汝昌的“考证”才是高峰，是“悟证先河”；考证不是字面意义上的考证，而是感悟考证。感悟考证是一种新方法，感悟和考证交相融合，意即“悟中有证，证中有悟”。
　　如果称我为考证派也不全对，因为考证里面没有感悟。感悟就是去追溯书里面不敢说、不便说、无法说的东西。正是这个东西使得曹公子（曹雪芹）痛苦无比。
　　“自传说”不是说曹雪芹给自己作传
　　对《红楼梦》，周汝昌主张“自传说”，这也是《红楼梦新证》的核心观点。
　　“全书的中心问题是主张‘自传说’”，周汝昌曾言，全书各章各节都“拱卫着它，简直成了一个‘体系’”。
　　这正是给他带来诸多争议的主要缘由之一。
　　1954年对俞平伯、胡适的批判如火如荼之际，时任《人民日报》总编辑的邓拓约见周汝昌，在称赞其红学成就的同时，指其“自传说”脱离了历史唯物主义，“犯了‘二元论’的错误”。
　　1976年，《红楼梦新证》增订版出版时，卷首曾刊有1955年“批红小将”李希凡、蓝翎发表于《人民日报》的文章《评<红楼梦新证>》，称该书“在自然主义‘自传说’的观点上，和胡、俞取得了一致，并且用全部的考证工作发展了这个观点”。囿于其时的政治环境，周汝昌不得不就此展开自我批评。
　　前些年，在作家刘心武对《红楼梦》的探秘引发争议后，周汝昌又被指为刘心武的“老师”，再次遭到红学界的非议。
　　《望东方周刊》：为什么“自传说”曾引发了业界很大的争议？
　　周汝昌：反对“自传说”者，以为“自传说”是指作品的体裁，而我所谓的“自传说”，不是自己给自己作传记，而是作者借一块石头投胎到人间的艺术手法，这可以说是作品内涵包含的一种自传性。
　　认为《红楼梦》的创作是以曹氏家族为原型的学术观点，叫“自传说”。代表人物是胡适，“自传说”的理论要点是认为《红楼梦》这部小说是以“真事隐”（甄士隐）的春秋笔法，借小说中贾府来描写曹氏家族的繁华旧梦，借小说中贾、史、薛、王四大家族的盛衰演变来描写曹氏家族由富而穷，最后“落了片白茫茫的大地真干净”的情形。
　　《红楼梦》不仅是一部带有作者自传性的小说，更是包含曹雪芹、李煦两家的自传性或合传性的文学创作—— 此所谓“传”者，实际就是今日通常所谓的有素材、有原型的小说写作。因此，《红楼梦》也被胡适称为一部“自然主义的杰作”。
　　《望东方周刊》：您怎样看待刘心武先生续写的《红楼梦》？
　　周汝昌：我和刘心武是如水的君子之交。有一年大年初二他突然打电话来，说他续完了《红楼梦》后四十回。我听了大吃一惊，当时就想：这个人真了不起!后来他把续书寄过来，但我无法看了，只听读了回目，因此不便说长道短。我送他一句诗：“壮哉，真勇士也。”我只能以这种方式鼓舞他。
　　但我必须说一句，高鹗续的后四十回书，严重地歪曲篡改了《红楼梦》的本质，在这个意义上，我对刘心武的续书表示支持，其他不在讨论之内。
　　《望东方周刊》：您有想过续写《红楼梦》吗？
　　周汝昌：我只是续写过《红楼梦》的一些小片段。这些小片段好像是一首首抒情诗，不受连环、交叉等难度的影响。这是个油滑取巧的办法。我听到有人说“周某人编故事不是连贯的，是一小段一小段的，但是每一个都有浓厚的诗意。”如果能够取到这个效果就很荣幸了。
　　
　　红学不要忘了“学”字
　　说周汝昌为“新中国《红楼梦》研究第一人”或许并不为过。
　　在当今红学界，著述之丰、影响之大者，非他莫属。最近的十余年间，他几乎保持了年均推出一本红学专著的纪录。2008年，90高龄的周汝昌还登上中央电视台百家讲坛，讲说四大名著。
　　只是，相伴而来的依然是争议。周汝昌倡导的红学四大分支、将红学提升到“中华文化之学”、对刘心武等后学的鼓励，被主流红学界指责为否定《红楼梦》的文学价值，从考证转向了索隐，“晚年红学研究走向偏执”。
　　八年前，周汝昌被通知从中国艺术研究院退休，只是在中国红学会尚有一个“顾问”的头衔。耄耋之年的周汝昌只好选择“单干”,由其子女充任助手，继续顽强地坚持着他对《红楼梦》与曹雪芹的痴迷和研究。
　　《望东方周刊》：您曾有诗云“论学从来有异同，何伤交谊共研《红》”，但红学会一直对您颇有微词。为何会出现这种情况？
　　周汝昌：你用“微词”这个词很高雅，谢谢你！何止微词啊，有些就是人身攻击。有人告诉我，有些学者、教授骂我，一种是冷嘲热讽地挖苦，一种是咬牙切齿地咒骂。这跟学术有关系吗？这种现象出现在学术界、学刊里应该吗？可又为什么会出现这种现象呢？留给他们思考吧。
　　过去也有人骂我“抢码头”。我开始还不懂，后来人家告诉我说这是古代一种狠毒的骂人的话。说实话，我从未想过去“抢码头”。
　　最近刘心武“火”了以后，也有人通过骂他来转弯骂我的。刘心武是受了我的牵连，我很过意不去。
　　《望东方周刊》：您认为，当前红学研究领域尚没有解决的主要问题是什么？
　　周汝昌：红学到目前为止到底解决了什么问题？我自己都怀疑这个命题。《红楼梦》学术研究上有哪些贡献？有哪些突破创新？那都只是以前的学术成就。红学近年没有什么突破、创新。
　　红学不要忘了“学”字，它是需要不断学习、不断创新突破的。仅举一例，比如问曹雪芹的艺术手法高在哪里？也再没听到过什么新观点；再如对沁芳园的新理解，我也如饥似渴地想听到一些新见解、新想法。
　　胡适等学者曾说《红楼梦》不足以与世界一流文学著作并列。我一直怀疑他们所说的“世界一流文学著作”到底是指什么。《红楼梦》到底哪些方面不及它们？他们用这么一句话就把我们自己的《红楼梦》给贬低了，我不服气。直到现在，我还是坚持认为《红楼梦》是世界第一流的文学作品。