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目前我国事业单位已经全面推广实行了集中支付制度，不过国库集中收付制度改革的政策性、技术性、操作性与关联性均很强，涉及面广、影响面大，是一项复杂而艰巨的系统工程。目前改革仍是在新旧管理体制转轨，配套措施尚未完全到位、技术保障有待加强的特定环境下运行；难免在运行中出现一些需要解决的问题。本文为此具体探讨了其在实施中存在的问题，并提出了相应的对策。然后以农业部本级为实例，实施改革以来的经验及问题，进一步探索如何完善制度建设，希望对积极推动国库支付改革具有一定借鉴意义。