2007年4月到2008年8月,在怒江收集116尾光唇裂腹鱼,76尾保山裂腹鱼,35尾贡山裂腹鱼,测定其线粒体cytb基因序列以评估其遗传多样性。结果显示,光唇裂腹鱼116个cytb序列中定义了9个单倍型,14个多态位点,种群平均单倍型多样性Hd=0.8399±0.0124,核苷酸多样性pi=0.0025±0.0015。保山裂腹鱼76个cytb序列中定义3个单倍型,23个多态位点,种群平均单倍型多样性Hd=0.5544±0.0449,核苷酸多样性pi=0.0080±0.0041。35尾贡山裂腹鱼样本的cytb序列中定义8个单倍型,13个多态位点,种群平均单倍型多样性Hd=0.7664±0.0556,核苷酸多样性pi=0.0017±0.0011。由于近期的环境污染、水工建设、捕捞压力等使3种鱼各自在怒江下游形成隔离的、遗传结构简单的小种群。光唇裂腹鱼和贡山裂腹鱼历史上都经历过种群扩张,近期种群萎缩。约在(1.11±0.22)MaBP,保山裂腹鱼的烂渣河和保山东河2个种群分离,因此应当做2个进化显著单元进行管理。