目的 分析青海高原鼠疫病原生态学特征.方法 以青海省内1954-2012年不同地区、宿主、媒介体内分离的952株鼠疫菌作为研究对象,采用分子生物学技术与常规技术及地理信息系统(GIS)对其进行表型特征、质粒谱、基因组分型、宿主及媒介感染谱等分析,并从病原生态学角度对青海高原鼠疫病原学特征、地理分布、主要宿主、主要媒介等方面特征进行了探讨.结果 青海高原鼠疫菌的生态型为青藏高原型占91.49％ (871/952)、祁连山型占6.41％(61/952)、青海田鼠型占1.26％(12/952).83.6％(796/952)的鼠疫菌4种毒力因子检测均为阳性(荚膜抗原、鼠疫杆菌素Ⅰ、毒力抗原因子、色素沉着因子),93.26％(367/392)的鼠疫菌毒力检测结果显示为强毒菌.725株分离自青海高原鼠疫自然疫源地的鼠疫菌共携带有9种质粒,其中喜马拉雅旱獭鼠疫疫源地分离的713株菌包含9种质粒,相对分子质量(Mr)分别为6×106、7 ×106、23×106、27×106、30×106、45×106、52 × 106、65×106和92×106.青海田鼠鼠疫疫源地的12株菌只携带3种质粒,Mr分别为6×106、45×106、65×106.携带大质粒(Mr分别为52×106、65 × 106和92×106)的鼠疫菌独自规律地分布在特定的地理位置,具有分类属性.青海高原两类鼠疫自然疫源地的841株菌株共发现有11个基因型,其中喜马拉雅旱獭鼠疫疫源地以5、8型为主,共611株,8型菌株占56.00％(471/841),5型菌株占23.07％(194/841);还发现了3个新的基因型,即新1(62株)、新2(52株)、新3(48株)型;青海高原青海田鼠鼠疫疫源地12株鼠疫菌基因型为14型.结论 青海疫源地内主要宿主和传播媒介直接影响鼠疫流行的空间分布规律及病原体特征,且鼠疫生态地理景观多态性导致了鼠疫菌基因型的复杂性。