阎崇年在《百家讲坛》讲“清十二帝疑案”，总结了乾隆的八大历史贡献，将其主持编修《四库全书》排在第一位。“四库”是经、史、子、集的统称，这部四千多名文人学者参与，历时二十年才完成的浩大工程，其实有数目惊人的书籍遭到了焚毁、删削、篡改、错讹的厄运，而这一切都是蓄意为之。
　　一、焚毁。《四库全书》收录全文的图书一共有三千四百六十一种，成书七万九千卷，近七点七亿字。编修中明令禁焚的书籍就有三千多种，几乎与全文收入的总数相当，这还不算因当时明令上缴违禁书籍在民间造成的恐怖氛围，百姓偷偷焚毁的书籍，合计起来被毁掉的书籍恐怕不下万部，这实在是一场文化大浩劫。
　　二、删削。只举几例，据黄裳先生考证：乾隆四十一年诏令：书籍内如有只须删改的字句，就不必因此而废掉全书；乾隆四十四年，禁网已注意到地方志；乾隆四十五年，注意力伸到野史诗、演戏曲本、小说等俗文学领域。
　　三、篡改。鲁迅先生曾说过：“清人篡修《四库全书》而古书亡，因为他们变乱旧式，删改原文”（《病后杂谈之余》）。乾隆五十年，改《明末纪事本末》中“吴三桂击走李自成”为“清军击走李自成”。不但与清代统治者利益密切相关的明人作品遭到大力剿灭，而且殃及两宋。如岳飞的《满江红》名句“壮志饥餐胡虏肉，笑谈渴饮匈奴血”，被改为“壮志饥餐飞食肉，笑谈欲洒盈腔血”，因为“胡虏”、“匈奴”在清代是犯忌的。张孝祥的名作《六州歌头？长淮望断》是描写北方被金人占领的孔子家乡：“洙泗上，弦歌地，亦膻腥。”这“膻腥”让人联想到胡人，当然犯忌，被改作“亦凋零”。陈亮的《水调歌头？不见南师久》：“尧之都，舜之壤，禹之封。于中应有，一个半个耻臣戎。”“一个半个耻臣戎”改作了“一个半个挽雕弓”。最荒唐可笑的是辛弃疾的《永遇乐？千古江山》：“斜阳草树，寻常巷陌，人道寄奴曾住”，被改作“人道宋主曾住”。“寄奴”是南朝宋开国皇帝刘裕的小名，本来与犯忌的“胡”“戎”“夷”“虏”等并不相关，可是在专制淫威下，奴才们“觉悟太高”，再次证明了“狗总是跑在最前面的”。
　　四、错讹。戊戍变法时支持新法的陕西进士李岳瑞，在其笔记《悔逸斋笔乘》中提到乾隆御制、四库馆臣校订的武英殿版《二十四史》。“曩读武英殿本《二十四史》，惟《史》、《汉》、《国志》校勘无愧精审，《晋书》以次，则讹字不可枚举。”是四库馆臣的疏忽吗？不是。这是四库馆臣、内府官员、太监共同表演的取悦皇帝的“哑剧”——故意留下一些容易看出的错误，等待喜欢校书的乾隆看到后标出，再对馆臣的“不学”降旨训斥，从而“龙心大悦”，觉得自己的学问也在“皆海内一流，一时博雅之彦”的四库馆臣之上。“然上虽喜校书，不过偶尔批阅，初非逐字雠校，且久而益厌。每样本进呈，并不开视，辄以朱笔大书校过无误，照本发印。司事者虽明知其讹误，亦不敢擅行改刊矣。”
　　从上述可以看出，毁、删、改，包括留下的大量错讹，都是蓄意而为。深究缘由，就不得不剖析乾隆编修《四库全书》的真实意图了。
　　众所周知，所谓的“康雍乾盛世”本是中国历史上“文字狱”最为酷烈的时期，而在乾隆编纂《四库全书》的同时，更是“于斯为盛”。有人做过统计：整个乾隆年间六十二年，一共发动了一百多起文字狱，而在编纂《四库全书》的二十年间就有四十八起，大约占到了一半！
　　乾隆老儿惯于“软硬两手”抓思想文化专制，编纂《四库全书》是“软”的一手，起正面诱导作用，藉此蒙蔽天下人的视线；罗织文字狱，动辄让读书人人头搬家，则是“硬”的一手。“软”的一手正是为“硬”的一手收证据、作准备、找借口。“两手”可谓相辅相成、珠联璧合。可见乾隆比“焚书坑儒”的秦始皇“聪明”，编书不过是手段，禁毁才是目的，他是“寓禁于编”。
　　明末大思想家黄宗羲在《原君》中说：“为天下之大害者，君而已矣”，这话如同流星，在夜空中划出耀眼的光辉。为害天下，当然就会殃及书籍、祸及文化。编修《四库全书》的过程，便是一场浩劫文化、钳制思想、驯养顺民的悲惨历史。鲁迅说《四库全书》编好后，不仅藏在内廷，而且“还颁之文风较盛之处，使天下士子阅读，永不会觉得我们中国作者里面，也曾有过很有些骨气的人”（《病后杂谈之余》）。