【目的】推测桔小实蝇Bactrocera dorsalis在中国的扩散路径和新发生地区的入侵来源。【方法】本研究测序获得来自中国、泰国、日本、老挝、孟加拉国和美国等地31个种群的192头桔小实蝇个体的COI序列(1 496 bp,占COI基因全长97.3%),并以软件Dna SP 5.0,MEGA 6.0和Arlequin 3.5等完成各种群的遗传多样性、种群间的遗传分化以及单倍型分析。【结果】所测31个桔小实蝇种群总体表现出较高水平的核苷酸多样性(0.00663)和高水平的单倍型多样性(0.98069)。以F-统计法度量种群间遗传分化程度,结果显示中国桔小实蝇地理种群间遗传分化较弱,中国种群与泰国、日本、老挝、孟加拉国、美国种群间的遗传分化程度不同,中国种群与美国种群及日本种群的遗传分化最大。而Mantel检验发现,中国、泰国、日本、老挝、孟加拉国和美国种群间的遗传分化与空间距离有关(R=0.670,P<0.0001),中国种群间的遗传分化不是地理隔离所造成的(R=0.038,P=0.534)。中国种群与泰国、日本、老挝、孟加拉国和美国种群间不存在共享单倍型。根据种群系统发育树,可将中国原发生地区种群划分为西南、东南两大分支。中性检验和错配分析结果均表明桔小实蝇曾存在大规模的扩张。【结论】桔小实蝇以东南地区和西南地区为源头向中国内陆扩散,其中广东、福建、广西和贵州种群为中国内陆种群较为有影响力的源头。根据遗传多样性、遗传分化、单倍型分析,推测新发生地区桔小实蝇的来源,例如安徽合肥桔小实蝇种群主要来源于福建长乐、广东珠海和上海。