2004年8月通过对三亚珊瑚礁水域纤毛虫进行表、底层采集分析,共鉴定6纲14目33属58种浮游纤毛虫,其中旋毛纲41种,叶口纲6种,寡膜纲5种,叶咽纲4种,前口纲和伪纤毛纲各1种。在14个目中,以旋毛纲环毛亚纲砂壳目纤毛虫种类最多,达到31种。主要优势种为布氏拟铃虫Tintinnopsis bütschlii、小拟铃虫Tintinnopsis minuta、丁丁急游虫Strombidium tintinnodes和具沟急游虫Strombidium sulcatum等,底层纤毛虫数量和种类都较表层高,底、表层平均丰度分别为375个/L和346个/L,表、底层纤毛虫种类差异明显,表层主要由浮游纤毛虫组成,以旋毛纲环毛亚纲砂壳目纤毛虫为主,急游目纤毛虫次之;而底层主要由缘毛目组成,如长圆靴纤虫Cothurnia oblonga、透明鞘居虫Vaginicola crystalline、钟虫Vorticella sp.以及吸管目的壳吸管虫Acineta sp.等。结果显示,在活珊瑚覆盖率高的站位(S4,S7和S9)纤毛虫数量明显低于珊瑚覆盖率低或没有珊瑚覆盖的站位,这暗示了珊瑚对纤毛虫的摄食作用。典型对应分析结果表明,影响三亚湾海域纤毛虫分布的主要因素有Chla、颗粒悬浮物SS和活性磷,以及水体溶解有机碳含量。通过对纤毛虫数量与环境因子关系的分析表明,三亚湾珊瑚礁水域纤毛虫的数量与叶绿素呈明显的正相关性。