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为探究鸭肠炎病毒(Duck enteritis virus,DEV)感染对鸭十二指肠黏膜组织不同时间段相关免疫基因的变化影响,采用DEV接种30日龄的健康樱桃谷鸭,在感染后72 h、96 h和120 h采集十二指肠,使用BGISEQ-500平台对3个试验组和对照组十二指肠组织测序,并筛选差异表达基因,用GO和KEGG数据库进行分析.结果显示,T72、T96和T120分别筛选出798、1389和1329差异表达基因;GO功能注释显示,差异基因主要参与到细胞因子活性、受体结合、细胞外基质、免疫系统过程、防御反应、钙离子结合、受体调节活性、受体配体活性、钠:氨基酸转运体活性等;KEGG通路富集结果显示,差异表达基因主要涉及在细胞因子-细胞因子受体相互作用、NOD样受体信号通路、RIG-I样受体信号通路,抗原加工和呈递、Toll样受体信号通路、ECM-受体相互作用、PI3K-Akt信号通路、细胞溶质DNA传感途径、RIG-I样受体信号通路蛋白质消化吸收、细胞黏附分子(CAMs)、细胞色素P450对异生素的代谢、类固醇激素生物合成、PPAR信号通路Toll样受体信号通路、补体和凝血级联、IL-17信号通路、钠:氨基酸转运体活性、神经递质转运蛋白活性、有机酸:钠转运体活性、阳离子:氨基酸转运体活性、膜的组成成分和膜的内在成分.用real-time PCR对差异表达基因的相对表达倍数进行验证,与RNA-seq测序结果基本一致.研究结果为探究DEV感染樱桃谷鸭十二指肠黏膜组织致病机制及其他生物学通路奠定了基础.