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国家对不同的主体功能区域实施差别化的区域政策，同时利用评价指标引导它们的建设。主体功能区划是塑造我国区域发展格局的新举措。生态经济理论作为主体功能区提出的理论基础之一，是一种全新的理论发展视角，也是未来可持续发展领域的重要研究趋势。在新时期背景下国家主体功能区划对生态经济学科发展建设提出了新要求，生态经济学科研究要有新思路，要有明确的区域指向性，并提供科学合理的评价依据。