在《万历十五年》中，黄仁宇对海瑞冠以“古怪的模范官僚”。海瑞的事例再次彰显了一个道理，也即在古典专制体制下，模范官僚失败命运之不可避免。其原因正如黄仁宇所说：“个人道德之长，也不能补救组织和技术之短。”在古典专制体制下，如海瑞这样的“清官”，其清廉风节不仅无法在文官集团中推广，其治世主张也无法得到施行，而且其失败命运几乎不可避免。深究海瑞模范官僚之失败原因，可得如下几点：第一，正如黄仁宇指出的，我们这个帝国存在一个长期以来一直无法克服的治术困难：“以熟读诗书的文人治理农民，他们不可能改进这个司法制度，更谈不上保障人权。”这也是文官制度的一个深刻的弊端，即文官所学非所用，所用非所学。历代文官的出身，不外门第、科举、荐举、孝廉等几种，个人道德风范和对儒学的理解在此过程中却主要成为入仕的标准。文官集团的出身以及知识背景，决定了其施政风格与原则必然有以道德替代技术的倾向；同时，文官集团普遍缺乏组织与技术才能，法律的解释和执行离不开传统的伦理，组织上也没有对付复杂的因素和多元关系的能力。这在模范官僚海瑞身上得到体现。黄仁宇在著作中表示，人类的日常行为乃至一举一动，都可以根据直觉归纳于善、恶两个道德范畴之内；而且他充当司法官和行政官时采取的断案原则，也即是道德原则而非法律原则。海瑞主张，在出现不易裁断的纠纷时，“与其屈兄，宁屈其弟；与其屈叔伯，宁屈其侄”。这便是以道德伦理替代法律来断定是非曲直的明证。第二，中国古代文官政治在现实和理想、形式与实质之间存在较大差异，往往是说一套、做一套。这一点王亚南在《中国官僚政治研究》中已经明确指出：“官僚社会的矛盾的本质，在任一场合，都会加强讲形式，不肯过于认真，不能彻底地去掉官僚作风。”但是模范官僚海瑞不明白这一点，他“不能相信治国的根本大计是在上层悬挂一个抽象的、至善至美的道德标准，而责成下面的人在可能范围内照办，行不通就打折扣”。模范官僚海瑞尊重法律，乃是按照规定的最高限度执行，这就不免打破了文官集团内部心照不宣的潜规则，自然为他人所不忿。完全依据法律来行事，海瑞还曾立呼对贪官污吏恢复洪武时代剥皮实草的极刑，其主张之残酷性大干众怒。结果在文官政治的二重性情况下，海瑞被冠以名誉上的极高地位，但却在实际政治过程中受到皇帝及绝大部分文官之冷遇与敬而远之，直到海瑞的死讯传出，文官们才大大松了一口气。第三，正如王亚南在《中国官僚政治研究》中论述的那样，在古典政治体制下，官僚的政治生活一般地体现为贪污生活。“以学干禄”的儒家思想，“做官发财”的政治实利思想，官职作为一种特权而非仅仅职业的现实，官制上不合理的规定，都给了文官以贪污的动力。王亚南指出，以地主经济为基础的专制官僚政治，一定要造出官、商、高利贷者与地主的“四位一体”场面，一定要造出集权的或官营的经济形态，一定要造出贪赃枉法的风气。而这三者又最可能息息相通，相互影响，相互结合。在这种情况下，贪污不仅是一种现实，也是维持文官政治运转的一种需要。因而，不了解这个秘密，如海瑞般的模范官僚想以道德伦理或严刑酷法来禁绝贪污，无疑不合时宜，也必然会失败。