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1.清朝初期（1683-1726）
台湾早期的书院均设于府城，除重建台南孔庙外，又有儒学、社学、义学、书院和私塾等教育机构。
康熙22年（1683），施琅攻陷澎湖，郑克壤降清，宁靖王朱术桂及五妃等人以身殉国，自缢于王府中堂。翌年4月，台湾归入清朝版图以后，初期为消弭汉人的反满运动，禁止人民集会结社，包括书院也在限制之列。其后，随着大清政权渐趋稳定，靖海侯施琅为了笼络民心，奏请皇上，将宁靖王府改建为大天后宫，并首创西定坊书院，成为台湾最早的一所书院。如今，大天后宫内立有康熙22年（1683）“平台纪略碑记”，康熙32年（1693）“靖海将军侯施公功德碑记”详细记载了清将施琅平台的种种事迹。
台南府城历经明郑、清朝康熙时代的开发，人群聚集，街市繁荣。此时，康熙皇帝晓示：“允言官请，诏各直省营建书院，为士子观摩地。”于是将军吴英建、郡守蒋毓英等人，在台南地区利用明郑旧有义学，改建为安东坊、西定坊、镇北坊、弥陀室等八所书院，形成义学过渡到正式书院的雏形，而产生有别于儒学的另一种教育系统。康熙43年（1704），知府卫台揆将原有安东坊旧义学改建为崇文书院，台湾首座典型（着重考课、科举）规模完备的书院终于形成。康熙49年（1710）知县宋永清在高雄凤山旧城成立屏山书院。接着又过了十年，台湾的第三所书院——海东书院出现，为全台最具规模的书院。到了雍正4年（1726），分巡道吴昌祚又于台南府治道署之旁创建中社书院（即奎楼书院）。此一时期，台湾的书院集中于台南地区且多属官府出资兴建，便于当局就近管理辅导。
2.清朝中叶（1727-1841）
雍正6年（1728）皇帝下旨：“凡官员有莅民之责，其言语必使人人共晓，然后可以通达民情，熟悉地方事宜……朕每引见大小臣工，凡陈奏履历之时，惟有闽、广两省之人，仍系乡音，不可通晓……但语言自幼习成，骤难更改，故必徐加训导，庶几历久可通。”由于朝廷表明对闽、粤两省乡音采行纠正，因此当时台湾的彰化、诸罗和凤山等四县，奉文设立四所“正音书院”。
雍正11年（1733）清廷对书院的态度，有了很大的转变，指定各省建立书院，当时的雍正皇帝诏告天下：“各省學校之外，地方大吏每有设立书院，聚集生徒，讲诵肄业者。朕临御以来，时时以教育人材为念，但稔闻书院之设，实有裨益者少，浮慕虚名者多，是以未曾敕令各省通行，盖欲徐徐有待而后颁降谕旨也。近见各省大吏渐知崇尚实政，不事沽名邀誉之为，而读书应举者，亦颇能屏弃浮嚣奔竞之习，则建立书院，择其省文行兼优之士，读书其中，使之朝夕讲诵，整躬励行，有所成就，俾远近之士观感奋发，亦兴贤育才之一道也。督抚驻扎之所，为省会之地，着该督抚商酌举行，各赐帑金一千两，将来士子群众读书，预为筹划，资其膏火，以垂久远。其不足者，在于存公银内支用。封疆大臣等并有化导士子之职，各宜殚心奉行，黜浮崇实，以储国家菁华棫朴之选，如此则书院之设，有裨益于士习文风，而无流弊，乃朕之所厚望也。”二年后，乾隆皇帝即位对书院更加积极鼓励，乾隆元年（1736）揭示：“书院之制所以导进人才，广学校所不及。”意思是书院介于官学与乡学之间，儒学（官学）只课而不教的缺失与不足，可以透过广设民间书院来加以补救。又颁“明诏奖励，比于古者侯国之学”，并向书院颁赠经史书籍，荐举书院优等生，同时拨款资助诸生膏火，以示提倡。
自雍正11年（1733）起，经乾隆、嘉庆，至道光19年（1839）鸦片战争爆发为止百年间，清廷陆续在各府县兴建孔庙（即官学、儒学），已形成一套完整的科考体系。为了让儒学与地方书院平衡发展，当时的政府开始提倡民间设立书院，于是书院如雨后春笋般地发展起来。而台湾也跟随着移民开发的脚步，在中南部各地陆续新建许多书院，如文开、兴贤、蓝田、振文、奎壁、萃文、凤仪、屏东、文石等24所书院。这些书院当中，有官办的，如澎湖文石、鹿港文开等。官民合办的如凤山凤仪、南投蓝田等。也有民办的，如西螺振文、员林兴贤等。此一阶段，台湾的书院在清廷的大力鼓吹与协助下，成长迅速，并转往各地发展，甚至发展到外岛澎湖。
3.清朝末期（1842-1895）
道光22年（1842）鸦片战争以后，揭开了中国近代史的序幕，书院也同时进入另一个崭新的阶段。这段时期，局势混乱，属多事之秋，台湾社会却呈现经济发展、民生富庶。在官方推动下，地方仕绅合力捐建的书院日益增多，如苗栗英才、大肚磺溪、和美道东、草屯登瀛等书院。而著名的官建书院，如台北明道、万华学海、台中宏文、台南蓬壶等书院，大都位于人口密集、工商业发达的城市里。
此一时期西力东渐，开始有马偕（Dr.George Leslie Mackay）等传教士进入淡水等地设立书院及教堂。加上道光、嘉庆年间，台湾地方富庶，社会安定，书院之设立辐凑密集，达到高峰，几乎遍及全台各地，而有些大型书院，更设有分校。
台湾从康熙22年（1683）施琅首建西定坊书院，到光绪19年（1893）成立的祟基书院为止，二百余年之间，从“草莱初辟、穷乡僻壤”中建起，到分布全台各地的书院总数达62所之多。在昔日台湾教育不普及的农耕时代，书院以研究学问、供人读书讲学而独树一帜，其教育体制有别于一般学校，成为早期的文教中心。对当时台湾的教育发展产生重大的影响。
时至今日，书院的教育特色与社会文化发展之关系，仍具有一定的意义。
4.日本殖民时期（1896-1945）
1896年，日人开始殖民台湾。隔年冬天，在全台各地设置十四所日语传习所。到了1898年8月16日发布“公学校令”明定：“本岛人子弟施德教，授实学，以养成国民性格，同时使精通国语。”同时开办各地“公学校”，从1898年至1944年，不到五十年之间，全台总共设立944所公学校。在日人推行新式教育体制后，由于时代变迁，书院已失去它原有的教育功能，纷纷停课，其建筑物也逐渐颓圮不堪。其后，有些书院被充为公学校临时教室或师生宿舍，如文开、磺溪、萃文等书院，或改设私立幼稚园，如大观义学。部分则转型为庙宇、宗祠或文祠，如云梯、明新、兴贤、振文、屏东、学海、登瀛等书院。但也有整修后继续维持书院名义的，如明志书院。自此，台湾的书院制度被毁于无形，走入历史。
5.1945年后的台湾书院
1945年后，台湾各地书院或因年久失修而颓圮，或因人为因素遭致拆除改建。如今，全台仅存万华学海、淡水理学堂、板桥大观义学、泰山明志、苗栗英才、苗栗云梯、大肚磺溪、和美道东、鹿港文开、员林兴贤、草屯登瀛、集集明新、南投蓝田、西螺振文、台南蓬壶、台南奎楼、内门萃文、凤山凤仪、屏东市屏东和澎湖文石等20所书院。
然而，在施琅成立第一所书院三百多年后的今天，我们检视这段“古代学校”的发展历史，不难发现它是清代台湾农业社会培育人才的摇篮，也是台湾早期传播学问之泉源所在，对于台湾本土文化、教育事业的发展，具有承先启后的伟大贡献。而这些仅存的书院建筑，更是记录这段教育史实的珍贵文物。因此，无论站在教育学术或社会文化的角度上看，均属台湾不可多得的历史文物资产，值得我们加倍珍惜。
如今，淡水理学堂大书院与和美道东书院在1985年公告为第二级古迹，而其他像万华学海、板桥大观义学、苗栗英才、大肚磺溪、鹿港文开、草屯登瀛、南投蓝田、集集明新、员林兴贤、西螺振文、台南蓬壶、凤山凤仪和屏东市屏东等13所书院，则先后于1985年被列入台湾第三级古迹加以保护。
此外，有些书院附设“诗社”，配合节庆日，举办书法、美术、歌唱、诗歌、健行和赠送书籍等活动，甚获好评。有些书院则开放厢房为自修室，供考生学子们使用。同时针对贫民子弟提供奖学金、助学金等等，造福大众。
时至今日，每逢考期，很多父母会带着考生前来书院祈求五文昌、魁星等神明，期盼考场顺利、金榜题名。只见案桌上摆满了成叠的准考证影本，想必是有求必应，灵验无比的缘故吧。由于文昌帝君主司文运、智慧，是古今士人学子考前必拜的神祗之一。所以每逢考季，台湾各地书院或文昌祠都会请神职人员诵经，并为考生点“智慧灯”，上奏文疏，举办一系列的“考生祈福法会”活动。
（选自台湾远足文化事业股份有限公司《台湾的书院》）
台湾早期的书院均设于府城，除重建台南孔庙外，又有儒学、社学、义学、书院和私塾等教育机构。
康熙22年（1683），施琅攻陷澎湖，郑克壤降清，宁靖王朱术桂及五妃等人以身殉国，自缢于王府中堂。翌年4月，台湾归入清朝版图以后，初期为消弭汉人的反满运动，禁止人民集会结社，包括书院也在限制之列。其后，随着大清政权渐趋稳定，靖海侯施琅为了笼络民心，奏请皇上，将宁靖王府改建为大天后宫，并首创西定坊书院，成为台湾最早的一所书院。如今，大天后宫内立有康熙22年（1683）“平台纪略碑记”，康熙32年（1693）“靖海将军侯施公功德碑记”详细记载了清将施琅平台的种种事迹。
台南府城历经明郑、清朝康熙时代的开发，人群聚集，街市繁荣。此时，康熙皇帝晓示：“允言官请，诏各直省营建书院，为士子观摩地。”于是将军吴英建、郡守蒋毓英等人，在台南地区利用明郑旧有义学，改建为安东坊、西定坊、镇北坊、弥陀室等八所书院，形成义学过渡到正式书院的雏形，而产生有别于儒学的另一种教育系统。康熙43年（1704），知府卫台揆将原有安东坊旧义学改建为崇文书院，台湾首座典型（着重考课、科举）规模完备的书院终于形成。康熙49年（1710）知县宋永清在高雄凤山旧城成立屏山书院。接着又过了十年，台湾的第三所书院——海东书院出现，为全台最具规模的书院。到了雍正4年（1726），分巡道吴昌祚又于台南府治道署之旁创建中社书院（即奎楼书院）。此一时期，台湾的书院集中于台南地区且多属官府出资兴建，便于当局就近管理辅导。
2.清朝中叶（1727-1841）
雍正6年（1728）皇帝下旨：“凡官员有莅民之责，其言语必使人人共晓，然后可以通达民情，熟悉地方事宜……朕每引见大小臣工，凡陈奏履历之时，惟有闽、广两省之人，仍系乡音，不可通晓……但语言自幼习成，骤难更改，故必徐加训导，庶几历久可通。”由于朝廷表明对闽、粤两省乡音采行纠正，因此当时台湾的彰化、诸罗和凤山等四县，奉文设立四所“正音书院”。
雍正11年（1733）清廷对书院的态度，有了很大的转变，指定各省建立书院，当时的雍正皇帝诏告天下：“各省學校之外，地方大吏每有设立书院，聚集生徒，讲诵肄业者。朕临御以来，时时以教育人材为念，但稔闻书院之设，实有裨益者少，浮慕虚名者多，是以未曾敕令各省通行，盖欲徐徐有待而后颁降谕旨也。近见各省大吏渐知崇尚实政，不事沽名邀誉之为，而读书应举者，亦颇能屏弃浮嚣奔竞之习，则建立书院，择其省文行兼优之士，读书其中，使之朝夕讲诵，整躬励行，有所成就，俾远近之士观感奋发，亦兴贤育才之一道也。督抚驻扎之所，为省会之地，着该督抚商酌举行，各赐帑金一千两，将来士子群众读书，预为筹划，资其膏火，以垂久远。其不足者，在于存公银内支用。封疆大臣等并有化导士子之职，各宜殚心奉行，黜浮崇实，以储国家菁华棫朴之选，如此则书院之设，有裨益于士习文风，而无流弊，乃朕之所厚望也。”二年后，乾隆皇帝即位对书院更加积极鼓励，乾隆元年（1736）揭示：“书院之制所以导进人才，广学校所不及。”意思是书院介于官学与乡学之间，儒学（官学）只课而不教的缺失与不足，可以透过广设民间书院来加以补救。又颁“明诏奖励，比于古者侯国之学”，并向书院颁赠经史书籍，荐举书院优等生，同时拨款资助诸生膏火，以示提倡。
自雍正11年（1733）起，经乾隆、嘉庆，至道光19年（1839）鸦片战争爆发为止百年间，清廷陆续在各府县兴建孔庙（即官学、儒学），已形成一套完整的科考体系。为了让儒学与地方书院平衡发展，当时的政府开始提倡民间设立书院，于是书院如雨后春笋般地发展起来。而台湾也跟随着移民开发的脚步，在中南部各地陆续新建许多书院，如文开、兴贤、蓝田、振文、奎壁、萃文、凤仪、屏东、文石等24所书院。这些书院当中，有官办的，如澎湖文石、鹿港文开等。官民合办的如凤山凤仪、南投蓝田等。也有民办的，如西螺振文、员林兴贤等。此一阶段，台湾的书院在清廷的大力鼓吹与协助下，成长迅速，并转往各地发展，甚至发展到外岛澎湖。
3.清朝末期（1842-1895）
道光22年（1842）鸦片战争以后，揭开了中国近代史的序幕，书院也同时进入另一个崭新的阶段。这段时期，局势混乱，属多事之秋，台湾社会却呈现经济发展、民生富庶。在官方推动下，地方仕绅合力捐建的书院日益增多，如苗栗英才、大肚磺溪、和美道东、草屯登瀛等书院。而著名的官建书院，如台北明道、万华学海、台中宏文、台南蓬壶等书院，大都位于人口密集、工商业发达的城市里。
此一时期西力东渐，开始有马偕（Dr.George Leslie Mackay）等传教士进入淡水等地设立书院及教堂。加上道光、嘉庆年间，台湾地方富庶，社会安定，书院之设立辐凑密集，达到高峰，几乎遍及全台各地，而有些大型书院，更设有分校。
台湾从康熙22年（1683）施琅首建西定坊书院，到光绪19年（1893）成立的祟基书院为止，二百余年之间，从“草莱初辟、穷乡僻壤”中建起，到分布全台各地的书院总数达62所之多。在昔日台湾教育不普及的农耕时代，书院以研究学问、供人读书讲学而独树一帜，其教育体制有别于一般学校，成为早期的文教中心。对当时台湾的教育发展产生重大的影响。
时至今日，书院的教育特色与社会文化发展之关系，仍具有一定的意义。
4.日本殖民时期（1896-1945）
1896年，日人开始殖民台湾。隔年冬天，在全台各地设置十四所日语传习所。到了1898年8月16日发布“公学校令”明定：“本岛人子弟施德教，授实学，以养成国民性格，同时使精通国语。”同时开办各地“公学校”，从1898年至1944年，不到五十年之间，全台总共设立944所公学校。在日人推行新式教育体制后，由于时代变迁，书院已失去它原有的教育功能，纷纷停课，其建筑物也逐渐颓圮不堪。其后，有些书院被充为公学校临时教室或师生宿舍，如文开、磺溪、萃文等书院，或改设私立幼稚园，如大观义学。部分则转型为庙宇、宗祠或文祠，如云梯、明新、兴贤、振文、屏东、学海、登瀛等书院。但也有整修后继续维持书院名义的，如明志书院。自此，台湾的书院制度被毁于无形，走入历史。
5.1945年后的台湾书院
1945年后，台湾各地书院或因年久失修而颓圮，或因人为因素遭致拆除改建。如今，全台仅存万华学海、淡水理学堂、板桥大观义学、泰山明志、苗栗英才、苗栗云梯、大肚磺溪、和美道东、鹿港文开、员林兴贤、草屯登瀛、集集明新、南投蓝田、西螺振文、台南蓬壶、台南奎楼、内门萃文、凤山凤仪、屏东市屏东和澎湖文石等20所书院。
然而，在施琅成立第一所书院三百多年后的今天，我们检视这段“古代学校”的发展历史，不难发现它是清代台湾农业社会培育人才的摇篮，也是台湾早期传播学问之泉源所在，对于台湾本土文化、教育事业的发展，具有承先启后的伟大贡献。而这些仅存的书院建筑，更是记录这段教育史实的珍贵文物。因此，无论站在教育学术或社会文化的角度上看，均属台湾不可多得的历史文物资产，值得我们加倍珍惜。
如今，淡水理学堂大书院与和美道东书院在1985年公告为第二级古迹，而其他像万华学海、板桥大观义学、苗栗英才、大肚磺溪、鹿港文开、草屯登瀛、南投蓝田、集集明新、员林兴贤、西螺振文、台南蓬壶、凤山凤仪和屏东市屏东等13所书院，则先后于1985年被列入台湾第三级古迹加以保护。
此外，有些书院附设“诗社”，配合节庆日，举办书法、美术、歌唱、诗歌、健行和赠送书籍等活动，甚获好评。有些书院则开放厢房为自修室，供考生学子们使用。同时针对贫民子弟提供奖学金、助学金等等，造福大众。
时至今日，每逢考期，很多父母会带着考生前来书院祈求五文昌、魁星等神明，期盼考场顺利、金榜题名。只见案桌上摆满了成叠的准考证影本，想必是有求必应，灵验无比的缘故吧。由于文昌帝君主司文运、智慧，是古今士人学子考前必拜的神祗之一。所以每逢考季，台湾各地书院或文昌祠都会请神职人员诵经，并为考生点“智慧灯”，上奏文疏，举办一系列的“考生祈福法会”活动。
（选自台湾远足文化事业股份有限公司《台湾的书院》）