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多项研究发现胃肠间质瘤生物标志物改变影响患者的预后,包括1p、13q、14q、15q或22q等数个染色体失调及细胞核或线粒体的微卫星不稳定现象,此外还有多种癌基因及抑癌基因的改变.kit及血小板衍生生长因子受体α基因突变不仅影响着胃肠间质瘤的进展及转移,还与胃肠间质瘤对靶向药物的敏感性有关,进而影响患者预后.