构建区域自主创新绩效测评指标体系,运用DEA规模报酬可变(VRS)的BCC模型,对长株潭区域自主创新绩效进行综合测评,从综合绩效、纯技术效率和规模效率三个方面将长株潭区域自主创新绩效与武汉东湖、中关村、苏南三个示范区进行了对比,研究了长株潭区域自主创新绩效的动态演化趋势。研究结果发现:四个区域自主创新综合绩效、纯技术效率和规模效率之间存在较大差异,2008-2013年间区域自主创新绩效排序为:中关村居首位,苏南、武汉东湖随后,长株潭最低。长株潭区域的纯技术效率在四个示范区中位居第二,规模效率则排名最后。提高长株潭区域自主创新绩效,要继续加大科技投入力度,提高科技资源的配置效率;把握好引进创新和自主创新间的关系,立足促进原始创新设计产业发展策略;加强区域科技优势与产业进行积极对接,强化战略性新兴产业核心技术,努力促进战略性新兴产业发展向高端化迈进。