【摘 要】
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目的 通过生物信息学方法筛选结核病的关键基因,为结核病的防治及科研提供新的研究方向和思路. 方法 分析GEO(Gene Expression Omnibus)数据库的两个系列微阵列数据集(GSE194
【机 构】
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广西医科大学第一附属医院脊柱骨病外科,广西南宁530021;广西医科大学第一附属医院呼吸内科
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目的 通过生物信息学方法筛选结核病的关键基因,为结核病的防治及科研提供新的研究方向和思路. 方法 分析GEO(Gene Expression Omnibus)数据库的两个系列微阵列数据集(GSE19443和GSE19444),使用在线工具GEO2R来获取结核病患者和健康对照组间的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs).然后对差异表达基因进行基因本体论分析(Gene Ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书相关富集通路分析(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG),通过构建蛋白-蛋白互作(Protein-protein interaction,PPI)网络来筛选出在结核病的发生发展中起着较为重要的关键基因及其潜在的病理机制,使用Cytoscape软件的Genemania插件进一步重预测差异基因的潜在的功能. 结果 经过GEO2R分析后,一共获得143个与结核病相关的差异表达基因,其中包含48个表达上调基因和50个表达下调基因;GO和KEGG分析表明,上调的差异表达基因与癌症和系统发育相关,而下调的差异表达基因主要集中在炎症免疫方面.PPI网络显示STAT1、GBP5、OAS1、CTNNB1、GBP1等基因在结核病中起关键作用.结论 筛选的143个结核病关键基因主要富集在免疫方面,其低表达可能是感染结核杆菌后发病的主要原因,为结核病靶向诊治提供了理论参考.
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