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为合理、有效地进行湖库、流域水质断面监测的优化布设,提出一种基于综合分层聚类(CHC)算法的水质监测断面优化设置方法。根据原始采集的水质监测数据建立归一化矩阵,通过5种距离算法计算监测数据变量之间的相似性以获得变量之间的亲疏关系,接着通过4种连接算法以实现对数据集合的自动聚类;以相关系数为评价准则来选择最优分层聚类算法,通过生成的相应最优聚类树矩阵,来优化设置断面监测站点,可获得反映水域整体水质的监测数据,以提高水环境的监测质量。实验结果表明该方法实用性强、集成度高,具有良好的推广价值。