采用变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术、克隆文库技术和限制酶切片段长度多态性(RFLP)等相结合的方法，探究了红曲黄酒传统酿造过程中的细菌菌群结构及其动态变化。变性梯度凝胶电泳(DGGE)试验结果表明，在传统酿造过程中的初期阶段的优势菌株包括植物乳杆菌 Lactobacillus plantarum 、戊糖片球菌Pediococcus pentosaceus 和短乳杆菌 Lactobacillus brevis ，随着酿造时间的增加，植物乳杆菌将逐渐占据绝对优势；利用限制酶切片段长度多态性(RFLP)技术对16S rDNA 文库中的克隆子进行酶切分型，共得到19种RFLP 图谱类型，测序鉴定结果与变性梯度凝胶电泳(DGGE)结果相似，但16S rDNA 克隆文库分析检测到了戊糖片球菌 Pediococcus pentosaceus ，该菌未见于变性梯度凝胶电泳(DGGE)结果中。变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术、克隆文库技术和限制酶切片段长度多态性(RFLP)等多种方法相结合，有助于更为全面、客观地研究红曲黄酒传统酿造体系中的细菌群落结构及多样性。