这次的思想实验是美国哲学家普特南提出的“缸中之脑”（brain in a vat）。这个著名的思想实验被用来质疑外部世界的实在性，因而也被用在很多科幻作品中，电影《黑客帝国》大概是其中最为著名的一部。
　　 缸中之脑被认为是“梦境说”的一个现代翻版。我们都知道梦境是虚假的，但人只有在醒来后才会意识到这一点。事实上类似的话题在更早以前就被提到了。我国的庄子就有著名的“庄周梦蝶”，法国哲学家笛卡儿也特别喜欢探讨梦境。然而缸中之脑让人绝望的是，这个脑无法“醒来”。因为离开那台计算机和科学家，它无法感受到任何东西，普特南通过缸中之脑创造了一个无法醒来的终极梦境。
　　 导语中提到的《楚门的世界》也是一种让人绝望的虚假，但是“楚门的世界”和“黑客帝国”有什么区别吗？在楚门的世界里，物理世界（人、房屋、社区、小岛）都还是真实的，但是在黑客帝国里，物理世界本身却是虚假的，是被一台叫作Matrix的超级计算机模拟出来的。“楚门的世界”里的虚假是人际关系的虚假——楚门的亲人、朋友和同事都是职业演员，他们也都知道自己在演戏，配合完成一场巨大的真人秀，而只有楚门一个人被蒙在鼓里。换言之，虚假也有不同的层级，社会关系的虚假是比较常见的，但物理世界的虚假层级就更高，也更不容易辨识。楚门最终离开了那个巨大的摄影棚，也就是离开虚假的社会关系，但是问题是，他也切断了所有的人际关系，来到一个完全陌生的环境里，不得不彻底从头开始……楚门的世界可以走出来，但缸中之脑走不出来，黑客帝国介于两者之间。
　　 因而，缸中之脑其实还涉及一个根本问题，那就是自由。可是有同学会提出，通过自杀可以逃出掌控。其实不存在这种可能性——一个赤裸裸的大脑，被浸泡在容器中，连身体都没有，如何自杀呢？科学家今天可以通过模拟让它处在幸福快乐的状态，明天也可以像处理生物垃圾一样把它扔掉。缸中之脑幸福与否，能否继续生存，完全取决于那个科学家，也即处在绝对的不自由状态。
　　 当然这种不自由状态，也成为《黑客帝国》中主人公Neo反抗的前提。他还有自己的肉身，因而可以从Matrix中觉醒，并尝试摧毁它。但是，觉醒之后的生活没有那么循规蹈矩，他不再是一个都市白领，而是成了一个抵抗战士，每天被追杀，过着朝不保夕的日子。这里就涉及一个更为根本的难题：如果自由并不一定意味着幸福，你还追求自由嗎？自由对你来说是达到幸福的手段，还是终极目标呢？一般认为，真理和自由是天然关联的。不过，如果“真理使你自由”和“无知使人幸福”中必须选一个，你选哪一个呢？