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植物结构蛋白质组学研究目的在不断变化。早期旨在比较不同基因型和株系，估测系统发育距离。随后是用蛋白N端Edman测序法或氨基酸分析法鉴定蛋白。如今，应用双向凝胶电泳和质谱法，已能联手成功地解决蛋白分离和鉴定问题。这将有助于对不同突变系与野生型作比较和对不同的表达基因鉴定，应用数据库和作图软件有可能获得功能蛋白构象。