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随着以功能基因组学和蛋白质组学为主要研究内容的后基因组时代的来临,人们面对着"海量"的生物序列数据需要分析处理.生物序列分析的基本出发点是:通过计算方法由核酸和蛋白质的序列推导出它们的结构和功能依据分子生物学的知识,各种数学工具已被广泛地应用于生物序列分析.其中隐马氏模型就是一种日益受到重视的智能化方法,已在生物序列分析中获得了广泛的应用.本文着重论述隐马氏模型结构及其在生物序列分析中的主要应用.