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目的探讨广西扶绥县肝癌高危人群乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)S区基因突变及其与原发性肝癌(primary liver cancer,PLC)的关系。方法收集来自扶绥县肝癌高危人群队列30例原发性肝癌患者为病例组,同时在队列中按条件收集30例未发生肝癌的持续HBs Ag阳性者为对照组,两组1∶1匹配,收集血清标本。采用巢式PCR方法扩增出HBV S区基因片段,对扩增产物进行测序分析。结果病例组和对照组突变率差异有统计学意义的突变点为T140A、T140C、T300C、G620A(P<0.05);条件logistic回归分析显示,T140C突变可能降低原发性肝癌发病风险(OR=0.484,95%CI:0.239~0.994),T300C突变可能增加原发性肝癌发病风险(OR=2.911,95%CI:1.110~7.629)。结论与原发性肝癌发生相关的HBV S区基因突变位点有T140A、T140C、T300C和G620A,其中T140C、T300C与原发性肝癌发生有独立相关性。