1935年，《义勇军进行曲》跨越海峡，成为台湾抗日团体的战斗歌曲。《义勇军进行曲》在抗战时期也成为某些国民党军队的军歌，如远征军200师师长戴安澜将军的作战秘书张家福少校就曾回忆，他们的军歌就是《义勇军进行曲》。
　　但1947年，《义勇军进行曲》却被国民政府正式查禁，违者轻则严刑拷打，重则“人间蒸发”。在台湾白色恐怖时期，许多有左翼背景的抗战歌曲遭“警总”（台湾警备总司令部，特务机关）查禁。《义勇军进行曲》自然也不能幸免。前民进党主席谢长廷就曾回忆称，若在两蒋时期唱这首歌，“随时要杀头的”。至于那些偶然出现在旧文艺作品中的《义勇军进行曲》，也被悉数消除处理。
　　除了《义勇军进行曲》，台湾那时的禁歌近千首，《黄河大合唱》《东北三部曲》《大刀进行曲》等抗日歌曲自不必说，连一首《保卫大台湾》的国民党抗战歌曲也因谐音似“包围打台湾”而遭禁，另外包括当时电台常播的《何日君再来》《苏州河边》《天涯歌女》等上海歌星的歌，都因“作者滞留匪区”而遭禁。
　　后来《义勇军进行曲》被解禁是因为女作家三毛。1985年，三毛在一场有几千人参与的演讲会上唱起了它。如此“大逆不道”，三毛最终却安然无恙，这与蒋经国的怀柔政策不无关系。不过，1990年12月，三毛编剧的电影《滚滚红尘》夺取8项金马大奖，却唯独没有最佳编剧奖，理由是当局认为该片“刻意歌颂中共”，被文化界视为时隔5年的秋后算账。